父為
衍聖公孔繁灝,母為名宦畢沅孫女畢景恆。因孔繁灝與畢景恆本為表兄妹,故孔德懋在《衍聖公府軼事》中談及孔祥珂自幼發育不好,有時會犯癲癇病。然孔祥珂成年後,成為著名書法家、鑑賞家及文學家。同治二年(1863年)襲爵,誥授
光祿大夫。同年奏請皇帝恩準,賜孔氏七十六世至八十五世名派為:“令德維垂佑,欽紹念顯揚。”此時
捻軍自北突過泗水,直撲曲阜。與知縣率領官兵拚死抵抗,直到援兵到來。為保護林廟及
孔府安全,孔祥珂中斷了一年一度的林廟會及每年春、秋兩次的孔廟丁祭活動。元配夫人彭氏為軍機大臣、
工部尚書彭蘊章之孫女,河南修武知縣彭祖芬次女。孔祥珂卒年僅二十九歲。賜謚莊。