2005年7月，為適應國家軌道交通快速發展，充分發揮高校與企業在軌道交通及重大裝備製造業方面的傳統優勢，提升校企雙方的綜合實力，大連交通大學與長春軌道客車股份有限公司充分整合了校企雙方已有的實驗設備與人力資源，共建了現代軌道交通研究院。研究院自成立以來，積極投身於鐵路行業發展和地方區域經濟建設，經過5年多的實踐，取得了一系列顯著的成績：先後與中國北車股份有限公司、齊齊哈爾軌道交通裝備有限責任公司、中國建材集團蚌埠玻璃工業設計研究院等20多家行業領軍企業簽訂了校企合作協定，建立了13個產學研合作及服務平台；成功申請並獲批組建了遼寧省現代軌道交通工程技術研究中心等多個省、市級研究中心；獲得各級政府的資金及合作企業的設備、項目支持近億元。2009年9月，現代軌道交通研究院被國家科技部認定為“國家技術轉移示範機構”，實現了學校衝擊高層次科研機構新的突破。
