表達序列標籤技術(EST,Expressed Sequence Tags) EST技術直接起源於人類基因組計畫。但是,由於人類基因數量巨大,以及真核基因特有的複雜性(如內含子、外顯子的區別、重複序列等),使得一次性不加選擇地對基因組全長進行測序成為幾乎不可能完成的工作。Venter等在1991年提出了表達序列標籤(EST)技術。
基本介紹
- 中文名:大規模表達序列標籤
- 外文名:Expressed Sequence Tags
- 簡稱:EST
- 起源:人類基因組計畫
基本介紹,主要流程,基本特性,主要套用,
基本介紹
此技術以大規模cDNA測序為基礎,即提取生物體的mRNA,進一步獲得cDNA文庫,挑選其中300—500bp的部分(即EST序列)進行序列測定,然後通過生物信息學手段得到全長的基因序列。通常EST序列位於一段cDNA的3’—端非翻譯區,也可以在該cDNA中隨機選取。利用EST技術克隆基因及功能分析,使克隆和定位新基因的策略發生了巨大變革。
主要流程
構建cDNA文庫
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DNA測序
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信息處理和管理
↓
① ② ③
去除載體序列、宿主序列和 聚類分析、拼接 資料庫查詢
重複序列
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生物信息學分析
基本特性
EST 自身的局限性集中體現在序列分析中的精確程度,另外還有由高豐度與低豐度序列之間的巨大差異造成的重複測定與漏測。