大理研究院成立於2010年6月，是由華中師範大學、大理大學和大理市人民政府“兩校一市”聯合共建的多學科交叉的科研機構。其前身為華中師範大學大理研究院，2016年3月更名為大理大學大理研究院。
2016年以來，經華中師大、大理大學和大理市政府三方的共同努力，聯合共建大理研究院工作進展順利，取得了“洱海水專項研究”等一批科研成果。
研究院以“研究大理問題、服務大理髮展”為宗旨，本著“突出重點、整合資源、集聚人才、強化組織、服務地方”的思路，立足大理經濟社會發展需要，發揮學科綜合優勢，提升科、研究水平，增強成果轉化能力，充分發揮服務大理經濟社會發展的職能作用。
研究院的主要任務是：
（一）科學研究。圍繞大理經濟社會發展需要，組織跨學科研究人員，承擔重大多學科研究任務，合作研究大理市委託的重大研究項目，鼓勵和支持科研人員發表高水平學術論文，出版高質量學術專著，獲得重大科研成果獎勵。
（二）決策諮詢。以研究院為平台，協調有關單位（部門），開展調查研究，為大理經濟社會發展的重大問題，提供決策諮詢服務。
（三）成果轉化。以研究院為“孵化器”，加強與地方政府、企事業單位的合作，實行產學研相結合，形成強大的研究、開發、生產一體化，促進科技成果轉化為生產力。
（四）學科建設。開展重點學科和特色學科建設，創建良好的多學科研究條件，形成多學科研究氛圍，建立跨學科交流機制，建設有自身特色的重點學科。
（五）人才培養。以研究院為平台，全面提高碩士生導師水平，與華中師範大學開展聯合培養研究生工作。
研究院實行理事會領導下的院長負責制。理事會由華中師範大學、大理大學和大理市人民政府共同組成。其主要職責是：研究決定研究院的發展戰略和重大事項。研究院下設辦公室，負責研究院的日常工作。其主要職責是：負責研究院的項目、財務、資產、秘書、檔案、考核等管理工作。
研究院成立專家委員會，由華中師範大學、大理大學和大理市人民政府選派有關專家組成。其主要職責是：參與討論研究院的發展戰略，對項目組的組建、研究團隊的準入、研究項目的立項等進行論證，對項目研究中的重大事宜，組織調研並提出諮詢建議。
從2016年起，由華中師大、大理大學和大理市政府三方共同籌措科研經費，設立“大理研究院課題”，圍繞大理經濟社會發展重大問題開展研究工作。
“十三五”期間，研究院將緊扣國家發展戰略，圍繞大理“民族團結進步示範區”、“生態文明建設排頭兵”、“面向南亞東南亞輻射中心”的發展目標，聚焦民族、發展、治理、生態、醫藥、文化等六大研究方向，使研究院成為省內外有重要影響的研究機構。
