1911年12月9日,支持平亂的軍官、士紳和同盟會員在軍政府內召開會議,決定改組兵變後的大漢四川軍政府。改組後的大漢四川軍政府,建立起以同盟會員為主體、並有立憲派士紳和軍界實力派參加的聯合政權,基本上適應當時革命鬥爭的環境和需要,從而將四川辛亥革命向前推進了一步。
1911年12月8日,成都發生兵變,都督蒲殿俊、副都督朱慶瀾倉惶逃遁,大漢四川軍政府形同解體,全城一片混亂。在此緊急關頭,同盟會員、陸軍部長尹昌衡從東較場脫險出城,單騎奔赴鳳凰山軍營,招六十三標標統周駿、管帶宋雪皋等率所部新軍入城,剿捕叛兵;立憲派人、安撫局長羅綸則坐鎮皇城之內,召同志軍首領吳慶熙、孫澤沛、侯國治等率隊入城彈壓亂兵,維持秩序。
12月9日,支持平亂的軍官、士紳和同盟會員在軍政府內召開會議,商討戡亂大計。鑒於蒲殿俊、朱慶瀾等“皆逃亡不知所之”,決定改組大漢四川軍政府。眾推尹昌衡為正都督,羅綸為副都督,並立即著手改建機構和組織新班子。新機構在都督府下設立總政務處,軍事巡警總部和參謀、軍務、民政、財政、學務、司法、實業、交通、鹽政、外交等部。新班子成員中,除少數支持平亂的立憲派和知名士紳繼續留任外,充實了不少革命黨人。同盟會四川支部長董修武擔任總政務處總理,統管秘書、法制、栓敘、統計、印刷、庶務6局,還兼任財政部長,具有較大實權;同盟會成員楊維擔任軍事巡警總部總監,負責治安,在平亂中起了重要作用。軍政府還對軍隊進行整頓編制。