1997 年亞洲金融危機催生了東協與中日韓合作機制（10+3）。2002 年，“東亞研究小組”（EASG）建議在“10+3”框架內成立“東亞思想庫網路”（NEAT），為一軌合作提供智力支持。這一建議在當年舉行的第六次“10+3”領導人會議上正式獲得通過。中方認領了這項任務。2003 年底，外交部指定外交學院作為“NEAT中國”國家協調單位，外交學院於2004 年正式成立東亞研究中心，作為“NEAT 中國”秘書處，開展第二軌道外交工作，並以此為契機推動外交學院的相關學術與政策研究。2013 年，中國與東協紀念戰略夥伴關係十周年，李克強總理倡議成立“中國—東協思想庫網路”（NACT），為中國—東協戰略夥伴關係“鑽石十年”、為中國—東協命運共同體建設貢獻智慧。東亞研究中心被指定為“NACT中國”國家協調單位。2013 年，在中日韓三國合作秘書處的關心和支持下，外交部依託東亞研究中心成立了“中日韓合作研究中心”，成為國內首家官方認可的專門從事中日韓合作研究的智庫。2014 年初，為適應新形勢提出的新要求，東亞研究中心正式更名為亞洲研究所。同年，中日韓三方同意儘快建成“中日韓思想庫網路”，並指定了各國協調單位，外交學院亞洲研究所被指定為中國國家協調單位。
