墨爾根副都統衙門遺址位於嫩江縣嫩江鎮第一國小院內。清代，嫩江是駐兵戍邊的地方，稱“墨爾根”，為滿語“騎射”之意。
康熙二十五年(1686年)，築成墨爾根城(今嫩江縣城)，始設邑。二十九年(1690年)，黑龍江將軍自黑龍江城(今黑河市愛輝鎮)移駐墨爾根城。三十三年(1694年)，又自黑龍江城移來副都統一員與黑龍江將軍同駐墨爾根城，便為墨爾根副都統伊始。三十七年(1698年)，墨爾根副都統移駐齊齊哈爾城，翌年黑龍江將軍亦移駐齊齊哈爾城，留協領駐墨爾根城。四十九年(1710年)復設墨爾根副都統衙門，隸屬黑龍江將軍管轄。光緒三十三年(1907年)，裁黑龍江將軍，改設黑龍江行省，墨爾根副都統歸其管轄；1908年，裁墨爾根副都統，置嫩江府，始定名嫩江，並一直沿用至今。
黑龍江將軍和墨爾根副都統的設定，為爭取雅克薩戰役的勝利和黑龍江流域的穩定奠定了基礎。黑龍江將軍和墨爾根副都統的設定、移駐和撤廢的時間，集中體現了清代東北邊疆軍事局勢、經濟人口等變化，以及清王朝統治者為維護其對東北的有效統治，而在東北地區進行的軍事部署和戰略政策的轉移。
清朝在東北所設定的副都統衙門對於清代東北地區的政治、經濟、軍事等方面，都產生了深刻的影響。墨爾根副都統衙門有著二百多年悠久歷史，對了解清代東北駐防八旗的興衰歷程具有重要的意義。2006年7月，黑河市人民政府將其公布為第二批市級文物保護單位。嫩江縣政府本著“保護為主，搶救第一，合理利用，加強管理”的文物工作方針，擬在原址復建墨爾根副都統衙門。
