《基於DNA自組裝標記的納米孔測序新技術研究》是依託上海交通大學，由潘敦擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：基於DNA自組裝標記的納米孔測序新技術研究
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人：潘敦
- 依託單位：上海交通大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
本項目採用不同形狀DNA自組裝體與待測單鏈DNA分子目標突變位點區域雜交，通過不同DNA自組裝體的顯著差異放大DNA分子中鹼基突變所產生的電信號差異，從而得到相應的DNA突變位點信息。本項目試圖建立一種方便、快捷、準確可靠的納米孔DNA測序新的分析方法，該方法不僅避開了目前納米孔測序中遇到的一些技術瓶頸，甚至可以對一個相當長的DNA片段直接進行基因型和單倍型分析，具備非常強的實際套用前景。
結題摘要
本項目我們利用固態納米孔單分子探測技術，探究了單獨四面體摺紙結構以及帶有四面體摺紙標記的雙鏈DNA的穿孔行為。研究表明，單獨四面體摺紙的穿孔行為與雙鏈DNA穿孔行為類似，可以在固態納米孔穿孔電流信號中產生明顯的阻孔信號。納米孔的孔徑對於四面體摺紙結構的穿孔時間會有影響。相同偏壓下，孔徑越小，納米孔與四面體摺紙的相互作用越強，從而導致穿孔時間越長。利用DNA摺紙技術，成功製備了三種構型的樣品（四面體摺紙標記在雙鏈DNA的不同位置上）。除了雙鏈DNA的穿孔信號外，作為標記物的四面體摺紙結構產生了額外的電流信號。通過對這些穿孔事件進行統計分析，得到了高信噪比以及與真實標記位置一致的時間位置信息。本項目累計申請相關專利2篇，發表SCI論文10篇。
