《基於因子圖的K562跨組學基因調控網路的構建與分析》是依託東南大學，由謝雪英擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：基於因子圖的K562跨組學基因調控網路的構建與分析
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人：謝雪英
- 依託單位：東南大學
中文摘要,結題摘要,
中文摘要
基因表達調控是彼此聯繫相互制約的，構成了複雜的調控網路，是後基因組時代研究的重要課題之一。本項目將利用新一代高通量測序技術，從跨組學的角度來研究TFs、microRNAs、ceRNAs以及對應靶標基因間的多因素調控關係，提出一個基於因子圖的基因調控網路建模和機率推斷體系。研究內容包括建模前數據的收集和預處理、基因調控網路的初始構建、基於因子圖的網路結構機率推斷和算法實現、基於網路的拓撲結構統計分析和基因功能富集分析，並以PMA誘導的白血病K562細胞係為套用實例，獲得不同分化條件下的K562跨組學數據（mRNA-Seq, miRNA-Seq和ChIP-Seq），運用上述模型體系來研究該細胞的基因調控機制。本項目的開展除了給具體生物過程、特定疾病或某種特定組織提供了一套研究多因素調控網路的模型體系和實用工具外，也為跨組學水平上認識造血細胞分化的基因調控網路提供了新的線索。
結題摘要
基因表達調控是彼此聯繫相互制約的，構成了複雜的調控網路，是後基因組時代研究的重要課題之一。本項目利用新一代高通量測序技術，從跨組學的角度來研究 TFs、 microRNAs、circRNAs 以及對應靶標基因間的多因素調控關係及內在影響機制，主要研究成果包括：（1）基於ENCODE資料庫中K562細胞的RNA-seq、microRNA-seq和CHiP-seq數據，我們構建了由TF-microRNA-circRNA-mRNA組成的基因調控網路並利用複雜網路理論分析了基因調控網路的拓撲結構及相關特性；（2）發現了靶基因mRNA的5 ’非翻譯區的二級結構在microRNA介導的調控機制中的重要作用；（3）構建了circRNA成環預測模型，並提出了一種環狀RNA定量算法。本項目的開展除了給新發現的circRNA提供定性和定量研究的工具外，也為具體生物過程、特定疾病或某種特定組織提供了一套研究多因素調控網路的模型體系和實用工具，為跨組學水平上認識造血細胞分化的基因調控網路提供了新的線索。
