《基於前饋環研究肝癌miRNA和轉錄因子的基因表達調控作用》是依託上海交通大學，由連保峰擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：基於前饋環研究肝癌miRNA和轉錄因子的基因表達調控作用
- 項目類別：青年科學基金項目
- 項目負責人：連保峰
- 依託單位：上海交通大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
肝癌的基因調控機制是肝癌研究的重點。課題組前期發現異常表達的let-7家族等60個miRNA調控包括轉錄因子（TF）在內的靶基因表達，影響了肝癌發生的相關通路，導致細胞增殖和凋亡異常，並與預後顯著相關。已證實肝癌中c-myc作為TF調節let-7家族的表達，但許多miRNA異常表達的調控機制尚不明確。除了上述miRNA和TF的相互調節之外，已有研究證實二者共同靶向肝癌差異表達基因。因此：在肝癌調控機制中，應存在以miRNA和TF的相互調控以及二者對於靶基因的調控作用所構成的前饋環（FFL）。本項目整合肝癌的miRNA和基因表達譜，篩選肝癌特異的FFL構建miRNA-TF複合調控網路，分析網路拓撲特徵和FFL在基因本體論（GO）、KEGG中的功能富集，篩選預後相關分子標記物，證實FFL在肝癌中的調控功能。本研究可能發現新的信號轉導通路，為肝癌的診斷和靶向治療提供理論基礎。
結題摘要
本課題組收集這些肝癌預後相關分子標記物並且建立了一個資料庫dbPHCC能夠用於肝癌預後研究及預後模型構建。dbPHCC資料庫主要專注於實驗驗證的與肝癌預後相關的分子標記物，而不是那些高通量測序得出的結果。我們收集了在2002年至2014年間在PubMed文獻資料庫中與肝癌預後分子標記物相關的文獻，通過人工的文獻閱讀提取其中有效信息。dbPHCC全面收集了分子標記物信息以及病人樣本的預後信息。dbPHCC主要收集了567個分子標記物包括：323個蛋白質，154個基因和90個小RNA。每個分子標記物包含以下三類信息：文獻信息，實驗信息以及預後信息。我們根據所收集的信息以及兩套肝癌相關數據集建立了一個由15個磷酸轉移酶相關分子標記物組成的肝癌預後預測模型。對於收集到的數據，我們構建了相應的資料庫和網頁，網頁端不僅包括全面的瀏覽查詢平台，還提供了一些線上預後分析工具。dbPHCC的網址是：http://lifecenter.sgst.cn/dbphcc/。dbPHCC是第一個專注於實驗驗證肝癌預後相關分子標記物的資料庫。dbPHCC所收集的預後分子標記物可能是潛在的藥物靶點，可以為肝癌治療研究提供數據支持並期待能夠提高患者的生存。此外，本課題組混合型肝癌（CHC）、肝內膽管癌（ICC）進行了外顯子組和轉錄組測序。並結合已發表肝細胞癌（HCC）的數據（TCGA HCC 突變和表達數據）從基因組水平和轉錄水平對三種亞型進行了比較分析。結果表明混合型肝癌在突變水平和表達水平與肝細胞癌具有更多的相似性，如CHC的突變的驅動基因TP53與HCC保持了一致性，基因組信息轉錄後的基因表達水平的差異表達基因富集到的信號通路也保持了較高的一致性。ICC區別於HCC和CHC，驅動基因為ARID1A, PBRM1等基因。本工作也對CHC和ICC的結構變異水平和病毒入侵情況進行了研究。相關研究的比較方法和拓展到腎病等不同疾病的分子分型套用中。項目研究成果在BBA-General Subjects等期刊發表並且有三篇論文未發表。
