基序，亦稱模序、模體、結構域。是指DNA、蛋白質等生物大分子中的保守序列，介於二級和三級結構之間的另一種結構層次。所謂結構域指蛋白質亞基結構中明顯分開的緊密球狀結構區域，亦稱轄區。多肽鏈首先是在某些區域相鄰的胺基酸殘基形成有規則的二級結構，然後，又由相鄰的二級結構片段集裝在一起形成超二級結構，在此基礎上多肽鏈摺疊成近似於球狀的三級結構。對於較大的蛋白質分子或亞基，多肽鏈往往由兩個或多個在空間上可明顯區分的、相對獨立的區域性結構締合而成三級結構，這種相對獨立的區域性結構就稱為結構域。對於較小的蛋白質分子或亞基，結構域和它的三級結構往往是一個含義，也就是這些蛋白質或亞基是單結構域。結構域自身是緊密裝配的，但結構域與結構域之間關係鬆懈。
英文motif的縮寫，也翻譯為“模序”，“模體”，DNA，蛋白質等生物大分子中的保守序列，在反式作用因子的結構中，基序一般指構成任何一種特徵序列的基本結構（既指具此功能的基本結構，也指編碼此結構的蛋白質/DNA序列），作為結構域中的亞單元，其功能是體現結構域的多種生物學作用。
反式作用因子的DNA結合結構域(DNA binding domain)中的幾種常見基序：
①螺旋/轉角/螺旋（Helix-turn-helix,HTH）基序
兩段螺旋被一短的轉角結構分開，其中一段螺旋為DNA識別螺旋．
同源異形結構域(Homeodomain，由同源異形盒編碼)中含有HTH基序。具有Homeodomain的轉錄調控蛋白在胚胎髮育和正常細胞分化的基因表達調節中有重要作用。
②鋅指(Zinc finger)基序
由肽鏈的保守序列中的一對組氨酸加一對半胱氨酸(His2/Cys2)或2對半胱氨酸(cys2/cys2)與一個鋅離子形成配位鍵，這些胺基酸對之間的多肽鏈成環狀突出並摺疊成指形結構，多個指結構常串聯重複。
鋅指族轉錄因子以二聚體形式同DNA上的順式調控元件結合。
含鋅指基序的轉錄因子：與GC盒結合的SPl、類固醇激素受體家族，抑癌蛋白WT1等。
③亮氨酸拉鏈(Leucine-Zipper)基序
由一段每隔6個a a 就有一個Leu的伸展肽鏈組成，這些周期性出現的Leu都位於α—螺旋的同—側面，因此兩條均含Leu拉鏈基序的蛋白質通過亮氨酸側鏈的相互作用形成二聚體。
具有亮氨酸拉鏈基序的轉錄因子：原癌基因C-Jun/C-fos(APl家族)
④螺旋-環-螺旋(Helix-loop-Helix，HLHt)基序．
由2個α螺旋間隔一個非螺旋的環(loop)組成．
如原癌基因產物C-myc及其結合蛋白Max．
