基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法

基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法

《基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法》是揚州大學於2007年9月5日申請的發明專利。該專利的公布號為:CN101182494,專利公布日:2008年5月21日,發明人:劉秀梵、胡順林、孫慶、吳艷濤、劉文博。

《基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法》涉及套用反向遺傳技術,該發明利用已建立的鵝源新城疫病毒ZJ1株的反向遺傳操作平台,將具有高繁殖性能的新城疫病毒分離株JS-5-05-Go的兩個囊膜糖蛋白F和HN基因片段對ZJ1株基因組的對應部分進行替換,得到重組病毒NDV-VII,對重組病毒的F基因進行致弱突變後拯救出高度致弱的基因VII型新城疫病毒株A-NDV-VII。同時該病毒在雞胚上具有較高的繁殖滴度,適合於疫苗的大規模生產,可用於製造疫苗。

2017年12月11日,《基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法》獲得第十九屆中國專利優秀獎。

基本介紹

  • 中文名:基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法
  • 公布號:CN101182494
  • 授權日:2008年5月21日
  • 申請號:2007101318632
  • 申請日:2007年9月5日
  • 申請人:揚州大學
  • 地址:江蘇省揚州市大學南路88號
  • 發明人:劉秀梵、胡順林、孫慶、吳艷濤、劉文博
  • Int. Cl.:C12N7/01(2006.01)、C12N7/04(2006.01)
  • 專利代理機構:揚州市錦江專利事務所
  • 代理人:江平
  • 類別:發明專利
專利背景,發明內容,專利目的,技術方案,附圖說明,技術領域,權利要求,實施方式,榮譽表彰,

專利背景

反向遺傳操作技術(Reverse genetics manipulation technique)是指在體外通過構建RNA病毒的感染性分子克隆,將病毒基因組RNA逆轉錄成cDNA,在DNA分子水平上對其進行各種體外人工操作,由病毒基因組cDNA和各種輔助蛋白來組裝新的RNA病毒的一項研究技術[Neumann G,Whitt M A,Kawaoka Y.Adecade after the generation of a negative-sense RNA virus fromcloned cDNA-what have we learned?Journal of General Virology,2002,83(11):2635-2662.],也叫全長感染性cDNA克隆技術,又常被稱為“病毒拯救”。由於最終“拯救”出的RNA病毒來源於cDNA克隆,因此,可通過中間過程中人為加入的DNA環節,在DNA水平上對RNA病毒基因組進行各種體外人工操作,如進行基因突變、基因敲除(缺失)、基因插入、基因置換和基因互補(即構建嵌合病毒)等改造,解決了對RNA病毒基因組難以操作這一難題,極大地方便了人們進行病毒各基因的功能、致病機理和病毒病防制策略的研究,同時為新型疫苗的研製和開發提供了新的思路[Huang Z,Elankumaran S,Panda A,et al.Recombinant Newcastle disease virus as a vaccinevector.Poultry Science,2003,82:899-906.]。
新城疫病毒(NDV)的基因組結構模式為3’-NP-P-M-F-HN-L-5’,依次編碼6種結構蛋白:核衣殼蛋白(Nucleocapsid protein,NP)、磷蛋白(Phosphoprotein,P)、基質蛋白(Matrix protein,M)、融合蛋白(Fusionprotein,F)、血凝素-神經氨酸酶蛋白(Heamagglutinin-Neuraminidase protein,HN)和大分子蛋白(Large protein,L),此外,P基因轉錄過程中在484位特定的編輯位點(AAAAAGG↓G)插入一或兩個額外的非模板鳥嘌呤核苷酸(G鹼基)發生RNA編輯現象而產生具有相同N末端不同C末端的V和W蛋白[Steward M,Vipond I B,Millar,et al.RN Aediting in Newcastle disease virus.Journal of General Virology,1993,74:2539-2547.]。
不同新城疫病毒分離株之間的毒力差異很大,根據對雞和雞胚的致病性及毒力不同,可將NDV分成三類:即強毒型(速髮型)、中等毒力型(中髮型)和弱毒型(緩髮型)。也可根據人工感染雞的臨診症狀,將NDV分為嗜內臟速髮型、嗜神經速髮型、中髮型、緩髮型和無症狀嗜腸型五種。在感染過程中,NDV吸附蛋白HN首先與敏感細胞表面的唾液酸受體結合,這種結合作用可以引起吸附蛋白HN和融合蛋白F構象發生變化;於是後者的融合肽被釋放出來,使病毒的包膜與細胞膜發生融合[McGinnes L W,Sergel T,ChenH.et al.Mutational Analysis of the Membrane Proximal Heptad Repeat of theNewcastle Disease Virus Fusion Protein.Virology,2001,289:343-352.1],強毒F蛋白的裂解位點為多個鹼性胺基酸連續排列,可被機體多個組織器官的多種蛋白酶裂解,因此,可導致全身性感染。弱毒株在該區域的鹼性胺基酸則被中性胺基酸所代替,使相應序列由R/K-R-Q-K/R-R-L變為G/E-R-Q-G/E-R-L,這種F蛋白前體僅能被有限的組織或器官分泌的胰樣蛋白酶裂解,感染性很低或無感染性。因此,F蛋白是NDV毒力和致病性的主要決定因素[Peeters BPH,Olays oe leeuw,Koch G,et al.Rescue ofNewcastle disease virus from cloned cDNA:Evidence that cleavability of thefusion protein is a majordeterminant for virulence.Journal of Virology,1999,73(6):5001-5009.]。
自1926年發現新城疫(ND)以來,ND已發生了四次大的流行,而且每一次流行都有不同基因型的毒株出現,尤其是90年代之後出現了新的基因VII型NDV,給中國的養禽業造成了巨大的經濟損失。在控制疫病的過程中,使用疫苗是最有效最經濟的方法,新城疫的疫苗已使用了幾十年,由於ND疫苗的廣泛使用,此病已基本上得到了較好的控制,但是臨床上非典型ND的發生十分普遍,ND仍然成為威脅養禽業的主要疾病之一,也就是說,常規的疫苗對於NDV強毒的攻擊並不能提供理想的保護。從近十年來的ND流行特點來看,臨床上所分離到的NDV毒株大多數屬於基因VII型[Liu XF,Wan HQ,Ni XX,et al.Pathotypical and genotypical characterization of strain ofNewcastle disease isolated from outbreaks in chicken and goose flocks in someregions of China during 1985-2001.Archives of Virology,2003,148(7):1387-1403.],而常規的ND疫苗株的基因型主要為Ⅰ和Ⅱ型(如V4、LaSota等),因此,在遺傳距離上當前NDV分離株與常規ND疫苗株相差較遠。
2005年Kapczynski等用基因Ⅱ型疫苗株NDV B1株作為疫苗,分別免疫2周齡和8周齡的SPF雞,免疫2周后以2002年的一株NDV分離株進行攻毒試驗,研究結果表明:雖然免疫雞攻毒後沒有發生死亡,但是不能抵抗NDV強毒的感染,免疫雞在攻毒後仍能排毒,因此,Kapczynski等認為常規疫苗在防制當前NDV感染中,還存在明顯的不足,應當進一步改善疫苗當前的生產工藝或者研製新型的替代疫苗[Kapczynski D R,King D J.Protection of chickens against overt clinical disease and determination of viralshedding following vaccination with commercially available Newcastle diseasevirus vaccines upon challenge with highly virulent virus from the Califomia 2002exotic Newcastle disease outbreak.Vaccine,2005,23:3424-3433.]。
2000年黃勇等在發病的鵝群中,成功分離到了基因VII型新城疫強毒ZJ1株,並進行了全基因組測序,登錄號為AF431744[Huang Y,Wang H Q,Liu HQ,et al.Genomic sequence of an isolate of Newcastle disease virus isolated froman out break in geese :a novel six nucleotide insertion in the non-coding region ofthe nucleoprotein gene.Archives of Virology,2004,149:1445-1457.]。在此基礎上,2005年胡順林等建立了NDV強毒株的反向遺傳操作平台,成功拯救出了鵝源強毒ZJ1株,並對該毒株進行了致弱,但是獲救病毒的EID50和HA效價均較低,不適合於大規模的生產[胡順林,孫慶,吳艷濤等.用反向遺傳技術致弱基因VIId型鵝源新城疫病毒ZJ1株.微生物學報,2007,47(2):197-200.]。
2005年姚春峰等從發病鵝群中分離到基因VII型NDV毒株JS-5-05-Go,其尿囊液的HA價為8log2明顯高於ZJ1株[姚春峰.中國部分地區新城疫病毒的部分生物學特性鑑定及分子流行病學研究.揚州大學碩士學位論文.揚州,2007,6.],2007年前有報導NDV的HN蛋白與病毒的繁殖和HA等生物學特性密切相關[Huang Z H,Panda A,Elankumaran S,et al.TheHemagglutinin-Neuraminidase Protein of Newcastle Disease Virus DeterminesTropism and Virulence.Journal ofVirology,2004,74(8):4176-4184.]。

發明內容

專利目的

《基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法》的第一個目的在於發明一種基因VII型新城疫病毒致弱株,從而解決當前所用疫苗株與流行株基因型不一致的問題。該發明基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII,於2007年8月20日保藏於中國微生物菌種保藏管理委員會普通微生物中心,地址:北京市朝陽區大屯路,中國科學院微生物研究所。保藏編號:CGMCC NO.2141,分類命名:新城疫病毒。
《基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法》的第二個目的在於發明一種基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII的構建方法:該發明利用已建立的鵝源新城疫病毒ZJ1株的反向遺傳操作平台,將具有高繁殖性能的新城疫病毒分離株JS-5-05-Go的兩個囊膜糖蛋白F和HN基因片段對ZJ1株基因組的對應部分進行替換,得到重組病毒NDV-VII,對重組病毒NDV-VII的F基因進行致弱突變後,拯救出高度致弱的基因VII型新城疫病毒株A-NDV-VII。將重組病毒NDV-VII株F基因的裂解位點突變為弱毒株特徵的序列後,成功拯救出了高度致弱的基因VII型毒株A-NDV-VII且其在雞胚中具有較高的繁殖滴度。
該發明利用反向遺傳技術成功拯救出了囊膜糖蛋白基因發生替換後的重組致弱病毒A-NDV-VII,該病毒在雞胚上具有較高的繁殖滴度,適合於疫苗的大規模生產,另外,該致弱毒株為基因VII型與中國NDV流行株的基因型相一致,因此,同常規疫苗(基因Ⅰ和Ⅱ型)相比,致弱株A-NDV-VII在控制當前新城疫的發病和流行方面顯示出了廣闊的套用前景。

技術方案

《基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法》的技術方案包括以下具體步驟:
1.新城疫病毒ZJ1株基因組的修飾:
構建陽性質粒R1R2R3:分別從ZJ1株基因組的2849nt~5223nt、2849nt~5223nt、2849nt~5223nt位置克隆出基因片段R1、R2、R3,將基因片段R1、R2、R3在質粒pCR2.1載體中相連,獲得陽性質粒R1R2R3。
以含有ZJ1株基因組全長的克隆pNDV/ZJ1作模板,用引物SalⅠ-1和SalⅠ-2擴增分離株ZJ1株基因組3602~4505nt之間的片段;用引物SalⅠ-3和SalⅠ-4擴增ZJ1株基因組4501-4861nt之間的片段。
再將克隆出的上述兩片段在pCR2.1載體中相連,將相連的片段亞克隆至陽性質粒R1R2R3中,獲得質粒S-R123。
上述用於擴增的引物序列如下:
SalⅠ-1:5’-TTCCGCAATGCTCTGCTTAGGGAGTGT-3’
SalⅠ-2:5’-TCGTCGACATGGATCATTGTCTGGTGT-3’
SalⅠ-3:5’-CGTCGACTGCTTATAGTTAGTTCACC-3’
SalⅠ-4:5’-GTAGTCAGTGTTCTGTTATACGCCTC-3’
2.以分離株JS-5-05-Go的囊膜糖蛋白基因替換ZJ1株基因組的對應部分
根據GenBank中發表的多株新城疫病毒的F和HN基因序列,利用DNAStar中MegAlign基因比較分析軟體進行分析後設計sF1、sF2和sHN1、sHN2兩對引物,分別擴增分離株JS-5-05-Go的囊膜糖蛋白F和HN基因,利用片段中存在的酶切位點將兩擴增片段相連,得到質粒pF-HN;
再將質粒pF-HN中的F和HN基因一起替換到質粒S-R123上,獲得中間質粒mS-R123;
然後將JS-5-05-Go株的F和HN基因從質粒mS-R123上導入到轉錄載體pNDV/ZJ1中,從而獲得新的轉錄載體pNDV-VII。
所述引物sF1、sF2、sHN1、sHN2序列如下:
sF1:5’-CGTCGACTGCTTATAGTTAGTTC-3’
sF2:5’-TGCTCTTTGGTTGCTTGTTCCCAG-3’
sHN1:5’-GCAGCCTGTGTGTCAATTCCGAT-3’
sHN2:5’-CTACCCGTGTTCTCCCTTGTTG-3’
3.重組病毒NDV-VII株的拯救
將pCI-NP、pCI-P和pCI-L三個真核表達質粒與轉錄載體pNDV-VII共轉染BSR-T7/5細胞,60小時後將轉染細胞輕輕刮下,與細胞上清充分混合後接種9~11日齡SPF雞胚,每個樣品接種3枚,0.4毫升/枚,37℃孵育,即獲得重組病毒NDV-VII。
4.致弱毒株A-NDV-VII的拯救
通過引物經Overlap PCR方法,將重組病毒NDV-VII的F基因裂解位點處的核苷酸進行突變,從而使相應編碼的胺基酸由R-R-Q-K-R-F變為弱毒特徵的胺基酸序列:G-R-Q-G-R-L,突變後的質粒命名為pA-NDV-VII;將質粒pA-NDV-VII與pCI-NP、pCI-P和pCI-L三個真核表達質粒共轉染BSR-T7/5細胞,轉染18小時後加入終濃度為10%的SPF雞胚尿囊液,轉染60小時後將轉染樣品接種9~11日齡SPF雞胚,即獲得基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII;
兩對突變引物分別是:
AF1:5’-GCGTCGACTGCTTATAGTTAGTTCACCTGTCT-3’
AF2:5’-GAGGGAGACAAGAACGCCTTATAGGTGCTGTTATTGG-3’
AF3:5’-AAGGCGTTCTTGTCTCCCTCCTCCAGACGTGGAC-3’
AF4:5’-GGTTATAAAGTGCCTGGATGGTCAGATGAGTTAA-3’
另,步驟4中通過AF1+AF2和AF3+AF4兩對突變引物分別擴增片段AFa和AFb兩個片段,凝膠電泳回收AFa和AFb,用引物AF1和AF4將以上兩個擴增片段通過OverlapPCR方法相連,得到裂解位點產生突變的擴增片段AF,利用該片段中含有的SalⅠ和PsiⅠ,替換轉錄載體pNDV-VII上的對應部分從而獲得了突變後的質粒pA-NDV-VII。
步驟1中,從ZJ1株基因組中克隆R1片段的引物為:
5’-GGGTGAAATGACGCTCAATAAACTCTC-3’
5’-ATGGTCTCATCTGTGGCCCGAATACT-3’
從ZJ1株基因組中克隆R2片段的引物為:
5’-ATACGTCTCACAGATCACCTCCCCTGCATTAAC-3’
5’-GTCAGATCTCTGCAACCGGATAGTATCACA-3’
從ZJ1株基因組中克隆R3片段的引物為:
5’-TCCGTCTCAGATCACTCACACTCACATCAAT-3’
5’-TCACGACCATCATATCGAAATCTACCATC-3’

附圖說明

圖1為重組質粒pNDV-VII構建模式圖。
圖2為重組質粒pNDV-VII的HindIII酶切鑑定。
圖3為F蛋白裂解位點突變模式圖。
圖4為致弱株的RT-PCR鑑定。
圖5為致弱株的細胞感染試驗結果。
基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法
基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法
基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法
基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法
基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法
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技術領域

《基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法》涉及套用反向遺傳技術,產生一種基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII,用於製造疫苗。

權利要求

1.基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII,其特徵在於:保藏號為CGMCCNo:2141。
2.如權利要求1所述基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII株的構建方法,其特徵在於:以分離株JS-5-05-Go的兩個囊膜糖蛋白F基因和HN基因片段對新城疫病毒ZJ1株基因組的對應部分進行替換,得到重組病毒NDV-VII,對重組病毒NDV-VII的F基因進行致弱突變後獲得高度致弱的基因VII型新城疫病毒株A-NDV-VII。
3.根據權利要求2所述基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII的構建方法,其特徵在於包括以下具體步驟:
(1)新城疫病毒ZJ1株基因組的修飾:
構建陽性質粒R1R2R3:分別從ZJ1株基因組的2849nt~5223nt、2849nt~5223nt、2849nt~5223nt位置克隆出基因片段R1、R2、R3,將基因片段R1、R2、R3在質粒pCR2.1載體中相連,獲得陽性質粒R1R2R3;
以含有ZJ1株基因組全長的克隆pNDV/ZJ1作模板,用引物SalⅠ-1和SalⅠ-2擴增分離株ZJ1株基因組3602-4505nt之間的片段;用引物SalⅠ-3和SalⅠ-4擴增ZJ1株基因組4501-4861nt之間的片段;
再將克隆出的上述兩片段在pCR2.1載體中相連,將相連的兩片段亞克隆至陽性質粒R1R2R3中,獲得質粒S-R123;
上述用於擴增的引物序列如下:
SalⅠ-1:5’-TTCCGCAATGCTCTGCTTAGGGAGTGT-3’
SalⅠ-2:5’-TCGTCGACATGGATCATTGTCTGGTGT-3’
SalⅠ-3:5’-CGTCGACTGCTTATAGTTAGTTCACC-3’
SalⅠ-4:5’-GTAGTCAGTGTTCTGTTATACGCCTC-3’;
(2)以分離株JS-5-05-Go的囊膜糖蛋白基因替換ZJ1株基因組的對應部分
通過兩對引物sF1、sF2和sHN1、sHN2分別擴增分離株JS-5-05-Go的囊膜糖蛋白F和HN基因,利用片段中存在的酶切位點將兩擴增片段相連,得到質粒pF-HN;
再將質粒pF-HN中的F和HN基因一起替換到質粒S-R123上,獲得中間質粒mS-R123;然後將JS-5-05-Go株的F和HN基因從質粒mS-R123上導入到轉錄載體pNDV/ZJ1中,從而獲得新的轉錄載體pNDV-VII;
用於擴增的引物序列如下:
sF1:5’-CGTCGACTGCTTATAGTTAGTTC-3’
sF2:5’-TGCTCTTTGGTTGCTTGTTCCCAG-3’
sHN1:5’-GCAGCCTGTGTGTCAATTCCGAT-3’
sHN2:5’-CTACCCGTGTTCTCCCTTGTTG-3’;
(3)重組病毒NDV-VII株的拯救將pCI-NP、pCI-P和pCI-L三個真核表達質粒與轉錄載體pNDV-VII共轉染BSR-T7/5細胞,60h後將轉染細胞輕輕刮下,與細胞上清充分混合後接種9~11日齡SPF雞胚,每個樣品接種3枚,0.4毫升/枚,37℃孵育,即獲得重組病毒NDV-VII。
(4)致弱毒株A-NDV-VII的拯救通過引物經OverlapPCR方法,將重組病毒NDV-VII的F基因裂解位點處的核苷酸進行突變,從而使相應編碼的胺基酸由R-R-Q-K-R-F變為弱毒特徵的胺基酸序列:G-R-Q-G-R-L,突變後的質粒命名為pA-NDV-VII;將質粒pA-NDV-VII與pCI-NP、pCI-P和pCI-L三個真核表達質粒共轉染BSR-T7/5細胞,轉染18小時後加入終濃度為10%的SPF雞胚尿囊液,轉染60小時後將轉染樣品接種9~11日齡SPF雞胚,即獲得基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII;
兩對突變引物分別是:
AF1:5’-GCGTCGACTGCTTATAGTTAGTTCACCTGTCT-3’
AF2:5’-GAGGGAGACAAGAACGCCTTATAGGTGCTGTTATTGG-3’
AF3:5’-AAGGCGTTCTTGTCTCCCTCCTCCAGACGTGGAC-3’
AF4:5’-GGTTATAAAGTGCCTGGATGGTCAGATGAGTTAA-3’。
4.根據權利要求3所述基因VII型新城疫病毒致弱毒株A-NDV-VII的構建方法,其特徵在於步驟(4)中通過AF1+AF2和AF3+AF4兩對突變引物分別擴增AFa和AFb兩個片段,凝膠電泳回收AFa和AFb,用引物AF1和AF4將以上兩個擴增片段通過Overlap PCR方法相連,得到裂解位點產生突變的擴增片段AF,利用該片段中含有的SalⅠ和PsiⅠ,替換轉錄載體pNDV-VII上的對應部分從而獲得了突變後的質粒pA-NDV-VII。
5.根據權利要求3所述基因VII型新城疫病毒致弱毒株A-NDV-VII的構建方法,其特徵在於步驟(1)中,從ZJ1株基因組中克隆R1片段的引物為:
5’-GGGTGAAATGACGCTCAATAAACTCTC-3’
5’-ATGGTCTCATCTGTGGCCCGAAIACT-3’
從ZJ1株基因組中克隆R2片段的引物為:
5’-ATACGTCTCACAGATCACCTCCCCTGCATTAAC-3’
5’-GTCAGATCTCTGCAACCGGATAGTATCACA-3’
從ZJ1株基因組中克隆R3片段的引物為:
5’-TCCGTCTCAGATCACTCACACTCACATCAAT-3’
5’-TCACGACCATCATATCGAAATCTACCATC-3’。

實施方式

構建步驟一:ZJ1株基因組的修飾
生物材料準備:
新城疫病毒ZJ1株由揚州大學農業部畜禽傳染病學重點開放實驗室分離、保存。
pNDV/ZJ1:由揚州大學農業部畜禽傳染病實驗室構建,公開對外銷售。
pCR2.1載體:購自Invitrogen公司。
設計3對引物用於擴增ZJ1株基因組2849-9552nt約6700鹼基對大小的片段,引物序列如下:
引物編號 (擴增片段的位置)
引物序列 (內切酶)
R1(2849-5223nt)R2(5218-7012nt)R3(7008-9552nt)
5’-GGGTGAAATGACGCTCAATAAACTCTC-3’ 5’-ATGGTCTCATCTGTGGCCCGAATACT-3’(B saⅠ) 5’-ATACGTCTCACAGATCACCTCCCCTGCATTAAC-3’(Bsm B Ⅰ) 5’-GTC4GATCTC TGCAACCGGATAGTATCACA-3’(Bgl Ⅱ) 5’-TCCGTCTCAGATCACTCACACTCACATCAAT-3’( Bsm B Ⅰ) 5’-TCACGACCATCATATCGAAATCTACCATC-3
根據引物中所加酶切位點,將擴增片段R1、R2和R3在pCR2.1載體中相連,得了陽性質粒R1R2R3。
以含有NDVZJ1株基因組全長的克隆pNDV/ZJ1作模板,用引物SalⅠ-1和SalⅠ-2擴增基因組3602-4505nt之間的片段;用引物SalⅠ-3和SalⅠ-4擴增基因組4501-4861nt之間的片段,將兩片段在pCR2.1載體中相連,利用兩端的酶切位點將相連片段亞克隆至質粒R1R2R3中,獲得了質粒S-R123,從而在全長克隆4502nt的位置引入了1個SalⅠ酶切位點。
用於擴增的引物序列如下:
SalⅠ-1:5’-TTCCGCAATGCTCTGCTTAGGGAGTGT-3’3602-3628nt
SalⅠ-2:5’-TCGTCGACATGGATCATTGTCTGGTGT-3’4438-4462nt
SalⅠ-3:5’-CGTCGACTGCTTATAGTTAGTTCACC-3’4457-4481nt
SalⅠ-4:5’-GTAGTCAGTGTTCTGTTATACGCCTC-3’4836-4861nt
步驟二:以分離株JS-5-05-Go的囊膜糖蛋白基因替換ZJ1株基因組的對應部分
生物材料準備:
分離株JS-5-05-Go:揚州大學農業部畜禽傳染病實驗室保存。
1.JS-5-05-Go株的囊膜糖蛋白基因的擴增:
將分離株JS-5-05-Go毒種接種於SPF雞胚,收集尿囊液300毫升,6000轉/分鐘(30#轉子)離心15分鐘,取上清;18000轉/分鐘4℃離心1.5小時,用40毫升STE(10mMpH8.0 Tris-HCl,100mMNaCl,5mMpH8.0 EDTA)懸浮沉澱。用10%蔗糖墊底,小心加入懸浮液,18000轉/分鐘4℃離心1.5小時去雜蛋白,棄上清,沉澱用30毫升LSTE懸浮,18000轉/分鐘4℃離心1小時去蔗糖,沉澱用7毫升STE懸浮,分裝指形管,每管450微升。
用上海生物工程技術服務有限公司的RNA抽提試劑盒提取RNA。取300微升上述製備的病毒液,加入400微升Trizol充分混勻,再加入100微升氯仿/異戊醇(24:1),震搖30秒後,12000轉/分鐘離心5分鐘;移上清至無菌的1.5毫升RNase-free離心管中,加入150微升無水乙醇,混勻;置於MNIQ-10柱中,室溫放置2分鐘,8000轉/分鐘離心1分鐘;棄去廢液,在柱子中加入450微升SolutionRPE,10000轉/分鐘,離心30秒;重複前步一次;棄去廢液,10,000轉/分鐘,離心15秒;移柱子入無菌、RNase-free離心管中,在柱子中央加入50微升DEPC-H2O,55-80℃放置2分鐘,10000轉/分鐘,離心1分鐘,收集管內的溶液即為RNA樣品。
取以上抽提的病毒基因組RNA17微升,加入六聚體隨機引物1微升(50納克),輕輕混勻後置於70℃恆溫金屬浴中變性5分鐘破壞RNA二級結構,立即冰浴5分鐘,然後依次加入以下試劑:5×RTBuffer:5微升;dNTPs(10毫摩爾/升):1微升;RNasin(40U/μL):0.5微升;AMVreversetranscriptase(10U/μL):0.5微升。
用手指輕撥(flipping)混勻,瞬時低速離心,置於42℃水浴中反轉錄1.5小時後取出95℃作用5分鐘以滅活殘餘的反轉錄酶,RT產物冷卻至4℃後直接進行以下PCR反應或暫存於-20℃冰櫃備用。
PCR擴增F和HN基因全長片段(50微升反應體系):上述RT產物(cDNA)5微升至0.5毫升PCR反應管中,以引物sHN1和sHN2擴增JS-5-05-Go株的HN基因,以引物sF1和sF2擴增JS-5-05-Go株的F基因,具體操作方法如下:10×ReactionBuffer:5微升;sHN1/sF1(50皮摩爾/毫升):1微升;sHN2/sF2(50皮摩爾/毫升):1微升;dNTPs(10毫摩爾/升):1微升;Expand Long Template Polymerase(3.5U/μL):1微升;上述RT產物(cDNA)5微升;SW:36微升。
PCR反應循環參數:94℃預變性2分鐘;94℃20秒,56℃30秒,72℃延伸,延伸時間為1分鐘/kb,20個循環後72℃延伸10分鐘,4℃保存。
根據GenBank中發表的多株新城疫病毒的F和HN基因序列,利用DNAStar中MegAlign基因比較分析軟體進行分析後設計用於擴增F和HN基因的引物序列如下:
sF1:5’-CGTCGACTGCTTATAGTTAGTTC-3’4457-4479nt
sF2:5’-TGCTCTTTGGTTGCTTGTTCCCAG-3’6299-6322nt
sHN1:5’-GCAGCCTGTGTGTCAATTCCGAT-3’6243-6265nt
sHN2:5’-CTACCCGTGTTCTCCCTTGTTG-3’8362-8383nt
PCR產物經電泳後切割含目的大小片段的凝膠,用Agrose Gel DNAExtraction Kit回收純化後與pCR2.1 T載體相連,轉化至大腸桿菌DH5 α感受態細胞,提取質粒,經EcoR Ⅰ酶切鑑定正確後送上海聯合基因科技有限公司測序,插入片段F和HN基因的序列測定結果如下:
F基因的序列(其長度為:1662鹼基對):
基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法
F基因的序列
HN基因測定序列與GenBank中公布的JS-5-05-Go 株的HN 基因序列(登錄號為:EU044816)完全一致。
上述序列測定正確的陽性質粒分別命名為T-sF和T-sHN。
2.囊膜糖蛋白基因的替換:
利用上述兩質粒中所含的酶切位點將兩擴增片段相連得到了質粒pF-HN。利用該 質粒中所含有的兩個單一酶切位點SalⅠ和SspⅠ將JS-5-05-Go株的F和HN基因同時替換到質粒S-R123上,構建了中間質粒mS-R123,中間質粒mS-R123經AgeⅠ和FspAⅠ酶切後替換轉錄載體pNDV/ZJ1上的對應序列,構建了重組質粒pNDV-VII(見圖1)。
3.重組質粒pNDV-VII的酶切鑑定:
由於分離株JS-5-05-Go基因組中HN基因序列中含有Hind III酶切位點(相當於ZJI全長cDNA 8033nt處),而pNDV/ZJ1上HN基因的cDNA序列上卻不含此位點,但NDV ZJ1株全長cDNA 14056nt和轉錄載體的292nt處也存在此酶切位點,因此,HN基因被成功替換的陽性質粒,經Hind III酶切後會出現10.8kb、6.0kb和1.4kb大小的3條目的片段,而經同樣酶切的pNDV/ZJ1,電泳後僅出現16.8kb和1.4kb左右的2條帶(見圖2)。
步驟三、重組病毒NDV-VII 株的拯救
生物材料準備:
pCI-NP、pCI-P、pCI-L真核表達質粒:由揚州大學農業部畜禽傳染病學重點開放實驗室構建、保存,公開銷售。
BSR-T7/5 細胞:購自哈爾濱獸醫研究所。
將5×105BSR-T7/5細胞接種於35毫米dish中,用含1毫克/毫升G418和10%小牛血清的DMEM培養過夜,約60%~80%鋪滿時用於轉染。將pCI-NP、pCI-P和pCI-L 3個真核表達質粒與含有NDV基因組cDNA全長的轉錄載體(pNDV-VII)共轉染BSR-T7/5細胞,60小時後將轉染樣品用封口膜(parafilm)封好,轉移到-70℃低溫冰櫃反覆凍融2次,然後將轉染細胞輕輕刮下,與細胞上清充分混合後接種9~11日齡SPF雞胚,每個樣品接種3枚,0.4毫升/枚,37℃孵育。定時照胚,棄去24小時內死亡胚。取出24小時後死亡胚置於4℃充分冷卻,待雞胚血管收縮後收集尿囊液。
收集的尿囊液均按OIE標準所測HA效價為8log2,與親本毒株ZJ1相比上升了4個滴度,且HA特性能被針對NDV HN蛋白的單克隆抗體(6B1)所抑制。
步驟四:致弱毒A-NDV-VII株的拯救
1.引物設計與合成:
AF1:5’ -GCGTCGACTGCTTATAGTTAGTTCACCTGTCT-3’
AF2:5’ -GAGGGAGACAAGAACGCCTTATAGGTGCTGTTATTGG-3’
AF3:5’ AAGGCGTTCTTGTCTCCCTCCTCCAGACGTGGAC-3’
AF4:5’ -GGTTATAAAGTGCCTGGATGGTCAGATGAGTTAA-3’
引物外帶SalⅠ和 PsiⅠ酶切位點用斜體和粗體標註;突變鹼基由黑體標註。以上引物由上海生物工程有限公司合成。
2.F裂解位點的突變:
PCR反應:以轉錄載體pNDV-VII為模板配製如下PCR反應體系:10×Reaction Buffer:5微升;上游Primer(50皮摩爾/毫升):1微升;下游Primer(50皮摩爾/毫升):1微升;dNTPs(10毫摩爾/升):1微升;Expand Long Template Polymerase(3.5U/μL):1微升;cDNA:1微升;SW:40微升。
PCR反應循環參數:94℃預變性2分鐘;94℃20秒,56℃30秒,72℃延伸,延伸時間為1分鐘/kb,20循環後72℃延伸10分鐘,4℃保存。
用引物AF1和AF2擴增病毒基因組的4457~4917nt區域,用引物AF3和AF4擴增基因組的4864~5270nt區域。
Overlap PCR反應體系及條件:10×ReactionBuffer:5微升;PrimerAF1(50皮摩爾/毫升):1微升;PrimerAF4(50皮摩爾/毫升):1微升;dNTPs(10毫摩爾/升):1微升;ExpandLong Template Polymerase(3.5U/μL):1微升;AF1和AF2擴增片段(AFa):1微升;AF3和AF4擴增片段(AFb):1微升;SW:39微升。
PCR反應循環參數:94℃預變性4分鐘;50℃退火1分鐘,72℃延伸5分鐘,之後再94℃20秒,56℃30秒,72℃延伸2分鐘30秒,20循環後72℃延伸10分鐘,4℃保存。
用引物AF1和AF4將以上兩個擴增片段通過OverlapPCR方法相連(Overlap部分在上述引物中以下劃線標註),得到裂解位點發生3個胺基酸突變的F基因片段AF,突變模式見圖3。
PCR產物經回收純化後與pCR2.1載體相連,轉化至大腸桿菌DH5α感受態細胞,提取質粒,質粒提取後送上海聯眾科技研究院進行測序驗證,陽性質粒命名為T-AF,最後將目的片段AF經SalI和PsiI酶切後替換轉錄載體pNDV-VII上的對應序列。重組質粒用酶切和PCR方法鑑定,陽性克隆命名為pA-NDV-VII。
3.共轉染與HI鑑定
將pCI-NP、pCI-P和pCI-L三個真核表達質粒與含有NDV基因組cDNA全長的轉錄載體pA-NDV-VII共轉染BSR-T7/5細胞,轉染方法參照SuperFecttransfection Reagent說明書進行。轉染樣品於60小時後接種9~11日齡SPF雞胚,120小時後將所接種雞胚凍死,收取雞胚尿囊液進行HA測定,其效價為9log2,且能被針對NDVHN蛋白的單克隆抗體(6B1)所抑制。
4.基因VII型新城疫病毒致弱毒株A-NDV-VII的PCR鑑定
將HA和HI檢測均為陽性的尿囊液在SPF雞胚上傳兩代後,收集尿囊液,抽提RNA用於RT-PCR反應,擴增F基因長度約為1700鹼基對左右大小的片段,回收目的片段進行測序鑑定,擴增片段的測序結果顯示F基因的裂解位點已突變成功(圖4)。
用於擴增新城疫病毒致弱毒株A-NDV-VII中F基因的引物序列為:
FP1:5’-TCTAGAGATCCCGACCGGCACATTCA-3’
FP2:5’-GTCGACATCCACCTCTTATCTGCATTCAT-3’
步驟五、致弱毒株的生物學特性鑑定
1.MDT與ICPI的測定
用滅菌生理鹽水分別連續10倍(10-3、10-4......10-7)遞增稀釋致弱病毒A-NDV-VII,每個稀釋度接種5隻9~11日齡SPF雞胚,37℃孵育5天,按0IE標準方法計算病毒的MDT;致弱病毒的尿囊液以滅菌生理鹽水10倍稀釋後經腦內接種10隻1日齡的SPF雞,按0IE標準方法計算病毒的ICPI。病毒5個稀釋度的接種雞胚在120小時內沒有發生死亡,說明該毒株的MDT值大於120小時;尿囊液經腦內接種SPF雞後,接種雞沒有發生死亡,ICPI的測定值僅為0.16,表明獲救病毒的毒力完全符合弱毒株的標準。
2、細胞感染性試驗
致弱病毒A-NDV-VII株作10-3稀釋後,接種雞胚成纖維細胞48小時後,細胞沒有出現病變,見圖5中A,而母本病毒感染細胞則出現了拉網和脫落現象,形成了明顯的空斑,見圖5中B。說明拯救後病毒的F蛋白在CEF上不能有效裂解,進一步表明獲救病毒的毒力已明顯減弱。
《基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法》構建的基因VII型新城疫病毒致弱毒株A-NDV-VII於2007年8月20日保藏於中國微生物菌種保藏管理委員會普通微生物中心,保藏號為:CGMCCNO:2141,其長度為:15192鹼基對。
步驟六:致弱毒株的免疫效力試驗
將1日齡商品蛋雞和SPF雞隨機分組,10隻/組,進行隔離飼養,2周齡時經滴鼻點眼分別接種致弱毒株A-NDV-VII和LaSota,106EID50/只;經頸部皮下接種A-NDV-VII油苗,同時設PBS接種組作為對照。每隻試驗雞於免疫後4周接種106ELD50的新城疫VII型強毒YZ株。攻毒後連續觀察14天,統計發病和死亡情況,並於攻毒後第4天採集氣管與泄殖腔棉拭樣品用於病毒的分離。LaSota、A-NDV-VII及A-NDV-VII油苗免疫組雞均未發病,而攻毒對照組雞在攻毒後5d全部死亡(見表1)。SPF雞的情況大致相同。
表1 免疫效力試驗結果
組別
組別攻毒劑量
(ELD50/只)
攻毒途徑
發病率
發病數/總數
死亡率
死亡數/總數
保護率(%)
A-NDV-VIIA-NDV-VII-油苗LaSota PBS
1010
1010
滴鼻點眼肌注滴鼻點眼滴鼻點眼
0/10 0/10
0/10 10/10
0/10 0/10
0/10 10/10
100 100
100 -
雖然三種疫苗的免疫保護率均達到100%,但在病毒分離率上,各免疫組的情況卻不相同,LaSota免疫組雞的病毒分離率明顯高於A-NDV-VII免疫組(見表2),另外,攻毒對照組雞喉氣管和泄殖腔的病毒分離率均為10/10。
表2 攻毒後第4天病毒分離結果
組別
SPF雞病毒分離率(陽性數/總數)
商品雞病毒分離率(陽性數/總數)


喉氣管
泄殖腔
喉氣管
泄殖腔

A-NDV-VIIA-NDV-VII-油苗LaSota
0/100/10
1/10
0/100/10
3/10
0/10 0/10
4/10
0/10 0/10
2/10
綜上所述,經過囊膜糖蛋白基因的替換和F基因裂解位點的突變,成功拯救出一株毒價高且高度致弱的新城疫病毒A-NDV-VII株。
且,經試驗表明:《基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法》構建的致弱病毒A-NDV-VII免疫試驗雞兩周后,弱毒苗免疫組雞血清HI的平均效價為25,而油苗組的HI平均效價則達到了27;攻毒4天后,LaSota免疫組的SPF雞口腔和泄殖腔的棉拭樣品的病毒分離率分別為10%和30%;商品雞口腔和泄殖腔的棉拭樣品的病毒分離率分別為40%和20%,上述病毒的分離率均顯著高於A-NDV-VII活苗及A-NDV-VII油苗免疫組,從而證明:與常規疫苗相比,致弱後的疫苗能夠提供更加堅實的免疫保護效率。

榮譽表彰

2017年12月11日,《基因VII型新城疫病毒致弱株A-NDV-VII及其構建方法》獲得第十九屆中國專利優秀獎。

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