基因搜是國內擁有基因數最多、種屬最齊全的網路基因數據搜尋平台,用戶可以在這個平台上搜尋其所需的任意基因的信息。同時,為了豐富該庫的內容,該庫中還補充了部分載體庫、shRNA庫、microRNA庫、啟動子庫、細胞庫、抗體庫等生物資源,合稱七大生物資源庫。
基本介紹
- 中文名:基因搜
- 特點:基因數最多、種屬最齊全
- 分類:cDNA克隆庫、Vector庫等
- 性質:網路基因數據搜尋平台
主要特點,詳細介紹,cDNA克隆庫,Vector庫,shRNA庫,MicroRNA庫,Cell庫,啟動子庫,如何選擇,cDNA還是ORF,BC還是NM,
主要特點
1、種屬齊全:人、小鼠、大鼠及其它大部分種屬;
2、數量眾多、內容豐富:包括收集了五萬多條cDNA的cDNA克隆庫、涵蓋了多個國外著名生物公司的兩百多種載體的Vector庫、shRNA干擾效率高達80%的shRNA庫、囊括了pre-miRNA和pri-miRNA的microRNA庫以及收藏了數百種細胞的Cell庫;
3、檢索便利、信息全面:只要一個關鍵字或一個編號就可以直接檢索到所有相關信息,同時系統會自動進行篩選和排序,擇優最先顯示。突變少,序列正確率高。
詳細介紹
cDNA克隆庫
cDNA克隆庫是整合了國外數個cDNA庫資源後推出的一個功能強大、數據完善的cDNA克隆庫。該cDNA克隆庫收集了人類、大鼠和小鼠等種屬的五萬多條cDNA,且序列正確率高。
Vector庫
已有六百多種出自Promega、Stratagene、Clontech、Invitrogen、Ambion、Novagen、NEB等著名生物公司的載體,原核表達、真核表達、酵母雙雜交、報告載體、克隆載體等各種用途,所有載體均可提供測序報告(用載體上的通用引物測序),保證和官方提供的序列完全一致。
shRNA庫
TRC(RNAi協會)專業出品,針對人及小鼠近萬個基因,總數達五萬多條(每個基因3~5條shRNA)的shRNA庫。經過大規模實驗驗證,其中超過90%均為有效shRNA,其干擾效率均大於80%(大多數超過90%)。
MicroRNA庫
既有pre-miRNA庫,也有pri-miRNA庫。其中pre-miRNA庫較全,擁有近四百個已經發現的pre-miRNA形式的microRNA。pri-miRNA庫中的microRNA數量稍少。
Cell庫
該庫中收藏了數百種細胞的全部信息,其中以目前最熱門的腫瘤細胞為主,主要是針對生物醫學領域而設定的。
啟動子庫
啟動子庫有380多種常用啟動子,包括廣譜表達型啟動子、組織特異性啟動子、腫瘤特異性啟動子、定製啟動子等多種形式。
如何選擇
cDNA還是ORF
cDNA克隆 | ORF克隆 | |||
---|---|---|---|---|
非表達型 | 表達型 | 非表達型 | 表達型 | 表達型(+大提) |
常見載體 | ||||
pOTB7 | pCMV-SPOT6 | pUC57 | 自選 | 自選 |
產品特點 | ||||
全長序列,含有5’和3’ UTR 載體多為克隆載體 無表達框,保證CDS區序列正確,同NCBI | 全長序列,含有5’和3’ UTR 基因片段位於表達框中,CMV啟動子調控 保證CDS區序列正確,同NCBI | 基因ORF序列 Kozak序列,增強基因表達 兩側有合適酶切位點,便於後續亞克隆操作 完全測序,保證序列正確,提供測序報告 詳細的構建報告 | 基因ORF序列 Kozak序列,增強基因表達 載體自選,多種載體多種標籤可選 可直接用於蛋白表達 完全測序,保證序列正確,提供測序報告 詳細的構建報告 | 基因ORF序列 Kozak序列,增強基因表達 載體自選,多種載體多種標籤可選 可直接用於蛋白表達 完全測序,保證序列正確,提供測序報告 詳細的構建報告 提供轉染級大提質粒,可直接用於細胞轉染 |
產品不足 | ||||
客戶需自己做基因克隆實驗 後續實驗繁瑣,且可能會出錯,無法獲得滿意的基因表達載體 費時費力 | 雖可直接用於表達,但是5’ UTR序列可能會形成複雜二級結構,影響基因的表達效率 | 無法用於蛋白表達,需通過基因克隆裝載至合適的表達載體 | 小提質粒,無論是純度還是濃度都不適合用於細胞轉染 客戶需自己做質粒大提 |
BC還是NM
- 經費充足時,建議選NM_xxxxxx
- BCxxxxxx和NM_xxxxxx兩者CDS區相同時,可以選BCxxxxxx
- BCxxxxxx和NM_xxxxxx兩者CDS區不同時,以NM_xxxxxx為準
小鼠和大鼠基因通常只有BCxxxxxx的克隆產品
BCxxxxxx | NM_xxxxxx |
---|---|
NIH-MGC Project產品 序列、載體等信息均完全同NCBI 序列同cDNA而不是同genome,與NM_xxxxxx序列有時候存在差別 大部分克隆的CDS區序列同NM_xxxxxx 價格通常比NM_xxxxxx便宜 |