在南方,圖帕克·印卡·尤潘基派軍越過的的喀喀湖,占領了位於玻利維亞的重鎮科恰班巴、阿根廷西北部及智利中北部。印加軍隊在南進過程中,所遇上過較大的反抗勢力,是位於智利中部毛利河(Maule River)一帶的普魯毛卡人(Promaucaes)。在重要戰役毛利河之戰(Battle of the Maule)中,普魯毛卡人與鄰近部落組成一支約一萬八千至二萬人的軍隊,與印加五萬大軍互相對峙。在曠日持久的爭持中,印加人雖多次遊說對方歸降,但無法得呈。在談判無望後,印加軍與普魯毛卡軍一連三天的浴血戰,造成雙方大量折損,各自返回駐紮地點。最後,圖帕克·尤潘基唯有下達命令,確定以毛利河為邊界,在他本人沒有下達任何新命令之前,部隊不許向前征服。至此,印加帝國完成在南方的擴張。
圖帕克·尤潘基對國都庫斯科的城堡興修工程特別感興趣。早在其父帕查庫特克在位時,便興建一座位於薩克塞華曼的堡壘。圖帕克·尤潘基致力放父親的未竟之功,動用大量人手,從高山地區把巨石運過來,然後用巧妙的技術堆砌起來。日後,西班牙人對這項工程大感詫異,一位神父龐塞·德阿科斯塔(José de Acosta)這樣形容:“為完成根據印卡王命令在科斯科和王國其他地方興建的這類工程,從王國各地徵調了大批印第安人。這些工程規模非常之大,更令人吃驚的是,他們不使用灰漿,也沒有鐵制或鋼製工具來切割和打磨石料,更沒有機械和工具來遠載石料。儘管如此,石料卻打磨得如此平整精細,許多地方連石塊之間的接縫也看不出來。……許多石塊碩大驚人,如不親眼目睹就難以置信。”