國家衛生計生委統計信息中心設9個內設機構。綜合辦公室、財務處、統計處、調查評價處、信息技術處、信息標準處、電子政務處、健康卡管理處、藥物信息管理處。
國家衛生計生委統計信息中心設9個內設機構：
（一）綜合辦公室。
負責中心公文、會務、機要、保密、檔案、物資、安全、後勤等中心日常運轉工作；負責中心黨務、人事、紀檢、工會、婦女、計畫生育等工作；負責中心內審工作；承擔重要文稿起草、規章制度制訂等工作；負責中心重要工作部署貫徹落實的督促檢查；負責中心對外協調、工作安排和交流；協助中心主任開展全國衛生計生統計信息工作的日常管理；負責中心各類印章的管理；組織全國衛生統計信息中心主任工作會議；負責統計信息系統的人才發展和培訓等工作。
（二）財務處。
編制、實施中心財務年度預算和決算；負責中心行政、各類項目及其他經費的財務和預算管理和監督工作；負責中心職工住房公積金、住房補貼等房改資金和工會的財務管理工作；負責固定資產的財務管理工作；配合審計部門完成審計工作。
（三）統計處。
草擬全國衛生計生統計工作政策、規劃，起草全國衛生統計工作管理法規；組織起草並實施國家衛生計生統計調查制度，擬定衛生計生統計標準和指標體系；協助管理衛生計生統計調查項目，協調委機關業務司局統計工作，管理和發布全國衛生計生統計資料；負責統計數據資源管理，維護統計直報與統計分析平台；負責醫改進展監測工作。開展統計分析與諮詢服務；依法開展衛生計生系統統計執法檢查，組織開展統計人員培訓與學術交流活動，負責統計對外聯絡工作。
（四）調查評價處。
負責擬訂全國衛生計生領域專題調查規劃，組織實施“國家衛生服務調查”和居民衛生服務利用監測工作；開展衛生改革調查研究，進行衛生系統績效評價；組織開展國家和衛生計生部門相關項目的專題研究與統計分析；協調國際組織在衛生統計與研究領域中的合作;收集、分析國內、外有關衛生改革與發展的信息;推廣新的調查技術和方法；承擔中心世界衛生組織衛生信息與信息學合作中心秘書處工作。
（五）信息技術處。
草擬全國衛生計生信息化工作方針、政策、規劃；負責衛生計生系統信息化建設技術指導工作；組織開展衛生計生系統信息技術、信息系統開發廠商及相關產品的評估、技術檢測認證、推廣和套用工作；負責衛生計生信息產品安全測試與認證工作；承擔全民健康保障信息化工程工作；負責預算管理單位決策分析系統建設與運維管理；組織開展衛生計生信息技術的研究和交流合作；承擔科研項目管理與研究工作；承辦委信息化領導小組交辦的具體工作。
（六）信息標準處。
組織開發、制定、審核、推廣衛生信息標準；負責衛生信息標準業務套用及相關產品的技術測評認證工作；組織開展衛生信息標準研究工作;組織制定衛生信息化建設管理制度及相關規範；承擔國家衛生標準委員會信息標準專業委員會秘書處日常工作；組織開展相關培訓和學術交流活動；負責與國際信息標準組織的協調工作。
（七）電子政務處。
負責國家衛生計生數據中心建設與運行維護；負責衛生計生數據資源管理；負責委機關內、外網相關基礎設施及設備、網路建設與運行管理；負責委機關電子政務內、外網套用系統建設、運維與信息資源管理。負責國家衛生計生委網站、電子郵件系統建設與運維管理；負責委機關視頻會議系統運行維護與管理；負責委機關電話交換機運維管理；負責委機關與行業信息安全與保密體系建設；組織開展電子政務、信息安全與保密技術套用培訓。
（八）健康卡管理處。
負責指導居民健康卡建設及居民健康卡跨區域、跨系統相關服務協調工作；負責制定居民健康卡、居民健康信息隱私與安全管理制度；組織制定和推廣居民健康卡技術標準和規範；負責國家級居民健康卡密鑰管理系統、註冊管理系統建設與運行管理;負責居民健康卡產品檢測、備案管理及質量監督管理工作；組織開展居民健康卡及業務信息系統技術培訓；負責住院醫師培訓系統建設與運維管理。
（九）藥物信息管理處。
負責國家藥品供應保障綜合管理信息系統建設和運行維護；統籌國家與省級藥品集中招標採購平台的互聯互通、信息共享；負責採集和分析各省藥品集中招標採購和醫療衛生機構藥品使用相關數據；負責組織開展國家基本藥物制度實施與藥品供應保障動態監測；負責組織開展藥物政策相關問題的專題研究與統計分析。
（一）綜合辦公室。
負責中心公文、會務、機要、保密、檔案、物資、安全、後勤等中心日常運轉工作；負責中心黨務、人事、紀檢、工會、婦女、計畫生育等工作；負責中心內審工作；承擔重要文稿起草、規章制度制訂等工作；負責中心重要工作部署貫徹落實的督促檢查；負責中心對外協調、工作安排和交流；協助中心主任開展全國衛生計生統計信息工作的日常管理；負責中心各類印章的管理；組織全國衛生統計信息中心主任工作會議；負責統計信息系統的人才發展和培訓等工作。
（二）財務處。
編制、實施中心財務年度預算和決算；負責中心行政、各類項目及其他經費的財務和預算管理和監督工作；負責中心職工住房公積金、住房補貼等房改資金和工會的財務管理工作；負責固定資產的財務管理工作；配合審計部門完成審計工作。
（三）統計處。
草擬全國衛生計生統計工作政策、規劃，起草全國衛生統計工作管理法規；組織起草並實施國家衛生計生統計調查制度，擬定衛生計生統計標準和指標體系；協助管理衛生計生統計調查項目，協調委機關業務司局統計工作，管理和發布全國衛生計生統計資料；負責統計數據資源管理，維護統計直報與統計分析平台；負責醫改進展監測工作。開展統計分析與諮詢服務；依法開展衛生計生系統統計執法檢查，組織開展統計人員培訓與學術交流活動，負責統計對外聯絡工作。
（四）調查評價處。
負責擬訂全國衛生計生領域專題調查規劃，組織實施“國家衛生服務調查”和居民衛生服務利用監測工作；開展衛生改革調查研究，進行衛生系統績效評價；組織開展國家和衛生計生部門相關項目的專題研究與統計分析；協調國際組織在衛生統計與研究領域中的合作;收集、分析國內、外有關衛生改革與發展的信息;推廣新的調查技術和方法；承擔中心世界衛生組織衛生信息與信息學合作中心秘書處工作。
（五）信息技術處。
草擬全國衛生計生信息化工作方針、政策、規劃；負責衛生計生系統信息化建設技術指導工作；組織開展衛生計生系統信息技術、信息系統開發廠商及相關產品的評估、技術檢測認證、推廣和套用工作；負責衛生計生信息產品安全測試與認證工作；承擔全民健康保障信息化工程工作；負責預算管理單位決策分析系統建設與運維管理；組織開展衛生計生信息技術的研究和交流合作；承擔科研項目管理與研究工作；承辦委信息化領導小組交辦的具體工作。
（六）信息標準處。
組織開發、制定、審核、推廣衛生信息標準；負責衛生信息標準業務套用及相關產品的技術測評認證工作；組織開展衛生信息標準研究工作;組織制定衛生信息化建設管理制度及相關規範；承擔國家衛生標準委員會信息標準專業委員會秘書處日常工作；組織開展相關培訓和學術交流活動；負責與國際信息標準組織的協調工作。
（七）電子政務處。
負責國家衛生計生數據中心建設與運行維護；負責衛生計生數據資源管理；負責委機關內、外網相關基礎設施及設備、網路建設與運行管理；負責委機關電子政務內、外網套用系統建設、運維與信息資源管理。負責國家衛生計生委網站、電子郵件系統建設與運維管理；負責委機關視頻會議系統運行維護與管理；負責委機關電話交換機運維管理；負責委機關與行業信息安全與保密體系建設；組織開展電子政務、信息安全與保密技術套用培訓。
（八）健康卡管理處。
負責指導居民健康卡建設及居民健康卡跨區域、跨系統相關服務協調工作；負責制定居民健康卡、居民健康信息隱私與安全管理制度；組織制定和推廣居民健康卡技術標準和規範；負責國家級居民健康卡密鑰管理系統、註冊管理系統建設與運行管理;負責居民健康卡產品檢測、備案管理及質量監督管理工作；組織開展居民健康卡及業務信息系統技術培訓；負責住院醫師培訓系統建設與運維管理。
（九）藥物信息管理處。
負責國家藥品供應保障綜合管理信息系統建設和運行維護；統籌國家與省級藥品集中招標採購平台的互聯互通、信息共享；負責採集和分析各省藥品集中招標採購和醫療衛生機構藥品使用相關數據；負責組織開展國家基本藥物制度實施與藥品供應保障動態監測；負責組織開展藥物政策相關問題的專題研究與統計分析。
