國家兒童醫學中心(上海院區)是將以復旦大學附屬兒科醫院、上海交通大學醫學院附屬上海兒童醫學中心為聯合主體設定的國家兒童醫學中心分院。
2017年1月23日,《國家衛生計生委關於設定國家兒童醫學中心的函》正式印發,明確將以復旦大學附屬兒科醫院、上海交通大學醫學院附屬上海兒童醫學中心為聯合主體設定國家兒童醫學中心(上海院區)。
國家兒童醫學中心(上海院區)坐落於地處浦東新區的上海國際醫學園區,毗鄰康新公路4365號的上海市質子重離子醫院,將承擔全國或區域性疑難危重疾病診治,帶動全國或區域內醫療服務能力的提升;協助制定我國兒童重大疑難疾病的診療指南和行業規範;組織開展兒科專業住院醫師規範化培訓和專科醫師培訓,培養臨床技術骨幹和學科帶頭人;建立兒童重大疾病監測系統,確定兒童健康問題研究的學科發展方向。