四川農業大學生態環境研究所(副處級建制)成立於2013年，原隸屬於四川農業大學資源環境學院。2015年3月，經院系調整後，現隸屬四川農業大學環境學院。
研究所依託於四川農業大學環境學院環境工程、生態環境工程、環境科學和生態學的學科基礎，充分發揮環境科學、環境工程、生態學三大學科的綜合優勢，實現多學科的相互滲透。利用長江中上游區位優勢，面向農業環境保護和生態環境建設的需求，著力研究地區性農業發展中農業生態環境可持續發展的重大科學理論和關鍵技術，解決農業生態環境保護和建設的基本問題，探索生態協調發展和環境保護的有效途徑。
研究所目前主要開展：
（1）農村環境污染治理與控制；
（2）土壤污染生態治理與修復；
（3）農業廢棄物資源化利用與污染治理；
（4）生物質能源的開發與利用；
（5）農村生態建設與環境可持續發展等方面的研究工作。
生態環境研究所現有科研人員6人，包括四川省學術技術帶頭人3人，四川省學術技術帶頭人後備人選1人。教授3人，副教授2人，講師1人。全體研究人員都具有博士學位，其中4人具有海外留學經歷。研究所現設有農村生態環境污染控制與保護研究室、土壤污染治理與生態修復研究室、生物能源與廢棄物資源化利用研究室和區域生態與可持續發展研究室等4個研究室，具有生態學一級學科博士學位和環境科學與工程一級學科碩士學位培養和學位授予權，現有博士生3人，碩士生22人。
