噶丹頗章,藏語音譯。又作“甘丹頗章”,意為“兜率宮”。十六世紀初,帕木竹巴的實力有所恢復,於明正德十二年(1517)從拉薩趕走仁蚌巴勢力,根敦嘉措(後追認為二世達賴)返回哲蚌寺,任堪布。次年,恢復拉薩祈願大法會和哲蚌、色拉、噶丹三大寺僧眾參加大法會的權利。期間,乃東大司徒扎西扎巴將哲蚌寺內的一座青石殿堂獻給根敦嘉措。後,這座宅邸改名為“噶丹頗章”。崇禎十五年(1642),五世達賴喇嘛阿旺羅桑嘉措在和碩特蒙古固始汗扶持下使格魯派(黃教)凌駕其他教派之上,具有經濟實力。因達賴喇嘛駐噶丹頗章,故後世以此名稱呼原西藏地方政府。