從對生物的遺傳性狀的影響上來看，可分為2種:一種是同義cSNP(synonymous cSNP),即SNP所致的編碼序列的改變並不影響其所翻譯的蛋白質的胺基酸序列，突變鹼基與未突變鹼基的含義相同;另一種是非同義cSNP(non-synonymous cSNP),指鹼基序列的改變可使以其為藍本翻譯的蛋白質序列發生改變，從而影響了蛋白質的功能。
