商業企業經濟效益審計是對商業企業經營業務全過程所體現的經濟性、效率性和效果性的審計。其主要內容：(1)審查企業各項經濟活動是否認真執行有關方針政策，提高服務質量，經營的商品是否適應市場需求，適銷對路，是否不斷採取有效措施擴大經營和挖掘增收節支的潛力，是否做到既注重企業效益又注重社會效益。
(2)審查各項資金的使用效率能否達到預期目標，分析和評價資金節約或浪費情況及其原因，能否根據市場變化不斷改善庫存商品結構，壓縮滯銷商品的比重，加速資金周轉；(3)審查利潤、成本費用等財務指標及其他經濟技術指標是否實現計畫要求，與本企業歷史最好水平和國內外同行業先進水平對比，找出差距，並作出評價； (4)審查勞動組織和勞動效率與最最佳化的要求有何差距，有無人浮於事等勞動組合不合理的現象；(5)審查基本建設投資項目的效果是否實現預期目標，有無脫離實際需要盲目興建、購置以及擴大建設規模和提高標準等鋪張浪費，現象；(6)審查企業對聯營業務投資的可行性，有無盲目投資、缺乏合法手續等問題損害企業經濟效益的情況。
