吉林醫藥學院基礎醫學院成立於1993年11月，前身為空軍醫學高等專科學校基礎部，編制16個教研室（中心），教職人員204人。1999年7月，轉隸為第四軍醫大學吉林軍醫學院基礎部，2004年8月吉林軍醫學院整體移交吉林省獨立辦學，基礎部隨之更名為吉林醫藥學院基礎醫學院。 現有外語、組織學與胚胎學、人體解剖學、生理學、生物化學與分子生物學、病理學與病理生理學、藥理學7個教研室；基礎醫學實驗中心1個，下設形態實驗室、機能實驗室、生物化學與分子生物學實驗室，承擔學校的大學英語和基礎醫學課程的教學和實驗任務。基礎醫學院現有教職員工108人，其中教授16人，副教授28人；博士12人，碩士64人。
隸屬軍隊期間，全體教師在基礎醫學的教學科研工作中，積極探索，勇於創新，共發表學術論文3千餘篇，編撰並出版專著、教材50餘部，有78項成果獲軍隊科技進步獎。分子生物學實驗室、生理機能實驗室為軍隊重點實驗室.先後有4人被評為“全軍優秀教員”，1人被空軍評為“先進工作者”，4人獲得總後勤部“育才獎”銀獎，42人在教學科研工作中榮立三等功。
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2004年從部隊移交到地方辦學後，基礎醫學院全體教師積極調整辦學思路，轉變教育理念，順利完成了以軍事醫學為教學重點向普通醫學高等教育為重點的轉變，在較短的時間內取得了多項成果。1 人被評為吉林市勞動模範,1人被評為吉林省巾幗建功模範，1人被評為吉林省教育系統師德先進個人。以竇肇華教授為負責人的《組織學與胚胎學》專科課程被評為國家精品課程，潘文乾教授主編的衛生部醫學專科規劃教材《生物化學》（第五版）獲2005年“全國高等學校醫藥優秀教材”一等獎，以竇肇華教授為負責人的臨床醫學專業（生殖醫學方向）為國家規劃建設的第一類特色專業建設點，人體解剖和組織胚胎學被確定為吉林省“十二五”重點學科；組織學與胚胎學教研室被評為省優秀教學團隊；獲得省教學成果二等獎1項，三等獎1項，省級教學技術成果二等獎1項，三等獎2項，省級科技進步三等獎1項，吉林市科技進步一等獎1項；中藥抗微波輻射研究實驗室為吉林省中醫藥管理局二級科研實驗室，輻射損傷防治實驗室被確定為吉林省高校重點實驗室和吉林省衛生廳重點實驗室，分子生物學實驗室為吉林省中醫藥管理局二級科研實驗室。現有國家級精品課程1門，省級精品課程6門，省級優秀課程6門；承擔國家、省、市及學院立項的教學、科研課題40餘項，出版衛生部規劃教材10部，出版其他教材22部。
