省編辦《關於同意調整部分地方海事(港航管理)機構編制的批覆》(皖編辦〔2012〕8號)同意原地級巢湖市地方海事(港航管理)局更名為合肥市巢湖海事局(合肥市巢湖港航管理局、合肥市巢湖水上搜救中心)，副處級建制，隸屬安徽省地方海事局(省港航管理局、省船舶檢驗局)，由合肥市地方海事局(港航管理局)管理。主要職責是：負責巢湖湖區和裕溪河航道水上交通安全監督、港口、航道和水上運輸市場管理以及水上應急搜救等工作。
內設紀委監察室、工會、組織人事科、辦公室、裝備科、財務科、法規教育科、船舶檢驗科(船檢辦事處)、行業管理科、規劃建設科、政務中心、監管中心12個科室(部門)。
下轄巢湖市地方海事處(巢湖市港航管理處)，巢湖閘、裕溪閘水上交通安全檢查站及散兵、岱山等14個海事所(港航管理所)。
