可可西里基底凹槽根據大地電測、航磁異常、地震波反射、重力梯度帶等地球物理資料，結合地表工作綜合分析得出的一種推斷。該凹槽介於柴達木-崑崙山基底隆起與唐古拉隆起之間，呈西北走向。凹槽內有2個沉降中心：西端的沉降中心位於庫賽湖以東，槽底深達36千米；東端的沉降中心位於崑崙山口東南，規模較小，槽底深約30千米。整個凹槽地處巴顏喀拉平靜異常區內、唐古拉隆起和青海東部凹槽基底明顯不同，由弱磁物質組成。
