卡若遺址的文化層堆積比較厚，約在100—160厘米左右，說明遺址經歷了一個相當長的發展過程。根據中國社會科學院考古研究所實驗室對遺址早晚兩期三段典型房屋中採集的放射性碳素標本的測定結果：早期前段以F：，為代表，年代距今為4955+100年(樹輪校正5555+125年)；早期後段以F。為代表，距今42804-100年(樹輪校正4750土145年)；晚期以F30為代表，距今為3930i80年(樹輪校正4315i135年)。綜合參考其他的測定數據，卡若遺址的絕對年代大約在5000—4000年前之間。卡若遺址的文化堆積，以Tl、T2、T，、T+、T，的中部為界，大體分為南、北兩區。南區文化堆積為三層。第一層，後期覆蓋層。第二層，深灰色上層。厚15—30厘米，平均深度約150厘米，內含紅燒土粒和炭屑。出土遺物有大量打制石器，包括石鏟、石斧、鋤形器、石鑽、石矛、切割器、刮削器等。細石器較多，有石鏃、雕刻器、石片刮器、楔形石核等。磨製石器有石斧、石躋、石鑿、石刀等，還有少量的石飾和貝飾。陶器數量較少，並有部分陶片。骨器有骨錐、骨針和印模骨具等。此層還發現牆房基3座，編號為Fs、F：：、F：。，均為半地穴式建築，分布於南區的北部。經鑑定，出土動物骨骼有較多的摩，並有少量的隼、豬、青羊、馬鹿等。第三層，黃褐色土層，厚50—60厘米，深220厘米。出土遺物中的大型打制石器和細石器基本與第二層相同，並有彩陶片和一定數量的粟類農作物遺存。此層還發現了草拌泥牆房基12座，有半地穴式建築地面建築兩種形式，平面有正方形和長方形兩種。還發現灰坑三個，圓形台面兩處。動物骨骼基本與第二層相同，但增加了廢子。北區文化堆積為四層。第一層為後期覆蓋層；第二層，深灰色土層；第三層為黃褐色土層，出土遺物與南區第三層相同，發現草拌泥牆房基5座，燒灶遺蹟一個，出土動物骨骼與南區第三層相同；第四層出土遺物中大型打制石器與第三層基本相同，有草拌泥牆房基8座，出土動物骨骼與第三層相同；第五層未發現遺蹟，陶片和骨器與第四層相同。
