根據自治州黨委辦公室、自治州人民政府辦公室《關於印發〈博爾塔拉蒙古自治州人民政府機構改革方案實施意見〉的通知》（博州黨辦發〔2011〕36號）精神，設立博爾塔拉蒙古自治州蒙古中學（以下簡稱自治州蒙古中學），機構規格相當於正縣級，全額撥款事業單位，隸屬於自治州教育局管理。
2017年12月27日：該校被評為第二批全國中國小中華優秀文化藝術傳承學校。
主要職責,內設機構,人員編制,附則,
主要職責
一貫徹執行國家、自治區有關教育工作的法律、法規。
二堅持按教育規律辦學，建立健全學校各種規章制度，不斷改進和完善各項工作。
三堅持以教學為中心，努力提高教學質量；貫徹執行教學大綱、考試大綱，落實教學任務，抓好教學工作。
四負責學校教職工及學生的思想政治工作，定期召開家長會、學生代表會，認真聽取家長、學生對學校工作的意見建議。
五負責學校自身建設，組織教職工進行繼續教育，做好教職工的調配、獎懲、工資福利及其他各項工作。
六提出教研教改的具體要求和研究課題並組織實施。
七制定學校發展規劃、年度（學期）計畫並組織實施。
八組織開展學校招生及學生管理等工作。
九組織開展學校勤工儉學工作，不斷改善辦學條件。
十加強學校安全工作，制定學校內部安全保衛制度並組織實施。
（十一）承辦自治州人民政府和自治州教育局交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，自治州蒙古中學設4個內設機構（相當於科級）。
一 辦公室。
組織協調學校的日常工作，組織起草綜合性文稿，負責會議組織、文電處理、校務信息、組織人事、檔案、保密、信訪、老乾等工作；負責學校精神文明、計畫生育、綜合治理、效能建設等工作；負責教職工的思想政治工作。
二 教務處。
擬訂學校教學發展規劃、工作計畫，組織開展教育教學工作；負責考務工作的組織實施；負責教師業務培訓、業績考核評估、業務檔案管理工作；負責對各教學部門的教學環節進行指導、監督、評估和綜合考核；負責學生的學籍管理、教師選聘、新任教師考核；負責學校實驗室、圖書室的管理工作。
三 政教處。
負責學生的思想政治工作，擬訂德育工作規劃、計畫並組織實施；負責班主任、學生會工作，指導共青團工作；負責對學生工作的檢查、指導、考評工作；負責學生助學金及其他各項資助經費的管理工作；負責學生的評先樹優、紀律處分等獎懲管理工作；負責校園文化建設；負責住宿學生的管理工作；負責家校雙方聯繫和家長學校工作；負責學生的心理諮詢工作；負責對師生開展交通、法制方面的教育；負責管理學校醫務室。
四 總務處。
負責學校後勤服務與保障工作；負責學校基建項目立項、招標、設計、預算、工程質量的監督管理與驗收等工作；負責學校財務資產管理；負責學校安全管理工作，維護正常的校園秩序，及時處理突發事件，擬訂應急預案；負責管理學生食堂；負責勤工儉學、校務公開工作；負責對師生開展安全、消防方面的教育；負責校園綠化美化的規劃、實施和管理工作。
人員編制
自治州蒙古中學列全額事業編制92名，其中：縣級領導職數4名，內設機構科級領導職數8名。
附則
本方案由中共博爾塔拉蒙古自治州委員會機構編制委員會辦公室負責解釋並對執行情況進行監督檢查和評估，其調整由中共博爾塔拉蒙古自治州委員會機構編制委員會辦公室按規定程式辦理。
