根據自治州黨委辦公室、自治州人民政府辦公室《關於印發〈博爾塔拉蒙古自治州人民政府機構改革方案實施意見〉的通知》（博州黨辦發〔2011〕36號）精神，設立博爾塔拉蒙古自治州動物衛生監督所（以下簡稱自治州動物衛生監督所），機構規格相當於副縣級，隸屬於自治州畜牧獸醫局管理的全額撥款事業單位。
主要職責,內設機構,人員編制,附則,
主要職責
一貫徹執行國家、自治區有關動物衛生監督管理的法律、法規，擬訂並組織實施自治州動物防疫規劃、重大動物疫病控制撲滅計畫和應急預案；承辦動物衛生、獸藥、飼料、種畜禽等行政案件。
二負責全州動物防疫檢疫及動物產品質量安全、獸醫醫政、獸藥藥政、獸醫器械、獸用生物製品的監督管理工作。
三負責全州畜禽遺傳資源保護、飼料生產經營行業的監督管理工作；組織開展動物及動物產品檢疫、獸藥殘留監控工作。
四負責動物衛生監督行業建設項目的篩選、申報、立項、實施，並協調組織檢查驗收。
五指導縣市動物衛生監督工作，協調有關單位開展聯防聯控工作。
六承辦自治州畜牧獸醫局交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，自治州動物衛生監督所設3個內設機構（相當於科級）：
一辦公室。
組織協調單位日常工作，組織起草綜合性文稿，負責會議組織、文電處理、政務信息、政務公開、組織人事、固定資產、財務、檔案、保密、信訪、老乾、後勤服務等工作；負責單位精神文明、計畫生育、綜合治理、效能建設等工作；承辦領導交辦的其他事項。
二動物衛生監督科。
負責實施自治州動物防疫監督工作規劃、計畫和重大動物疫病控制撲滅計畫及應急預案；負責對動物防疫檢疫、動物產品質量安全、獸藥經營、獸醫器械、獸用生物製品、動物診療、種畜禽生產經營、畜禽遺傳資源保護、飼料生產經營等實施監督管理，承辦有關行政案件；負責對獸藥經營、飼料生產經營、動物診療、動物防疫、種畜禽生產經營等行政許可事項進行審核；組織實施官方獸醫制度和執業獸醫制度規劃、計畫等。
三動物衛生檢疫科。
負責實施自治州動物及動物產品檢疫監督工作規劃、計畫；負責實施動物檢疫管理工作；負責動物疫病可追溯體系建設及有關物資管理；負責動物防疫檢疫證章管理；承辦動物防疫檢疫監督業務培訓工作。
人員編制
自治州動物衛生監督所列全額事業編制15名。其中：領導職數2名（副縣級1名，正科級1名），內設機構科級領導職數6名。
附則
本方案由中共博爾塔拉蒙古自治州委員會機構編制委員會辦公室負責解釋並對執行情況進行監督檢查和評估，其調整由中共博爾塔拉蒙古自治州委員會機構編制委員會辦公室按規定程式辦理。
