南開大學台灣經濟研究所成立於1986年,是大陸首批3家涉台學術研究機構之一,也是大陸首個涉台經濟研究機構。立足自身特點和優勢,該機構積極從事涉台經濟、兩岸經貿往來方面的教學、研究和交流活動,同時與島內學術界建立了廣泛且深入的學術交流與合作關係,為推動兩岸交流方面做了開創性的重要貢獻。
該所在科研、教學及對外交流等方面均取得了突出成績。在台灣經濟及兩岸經貿關係的教學、科研方面,該所始終處於領先地位,與南開大學區域經濟研究所同屬區域經濟學科,由於科研及教學成果突出,2002年被評為國家重點學科,2004年被評為國家“985工程”哲學社會科學創新基地,並與海內外學術文化界建立了廣泛的學術交流與長期穩定的合作關係。
該所現有專、兼職研究人員近二十人,其中包括葉萬安、高輝等一批台灣知名專家、學者。原國務院台灣事務辦公室常務副主任、海峽交流協會副會長、海峽兩岸關係研究中心主任唐樹備先生為本所兼職教授和首席顧問。