南通市航道管理處是南通市交通運輸局直屬單位,承擔全市航道(不含長江)、市交通運輸部門所屬通航船閘的建設和維護工作;承擔航政管理工作;負責航道、市交通運輸部門所屬船閘重點建設項目資金籌集;編制年度養護計畫;承擔市交通運輸部門所屬船閘規費的征稽管理工作。