2019年4月25日，佛山市衛生健康局已組織督查和專家組進駐南方醫科大學順德醫院，會同省專家組對事件進行全面調查南方醫科大學順德醫院發生的新生兒感染事件。 4月25日，廣東省佛山市衛生健康局工作人員確認，3名新生兒死亡事件已被確認為一起醫院感染事件，具體感染病菌等原因仍需進一步調查。
2019年4月25日，據佛山市衛健康局官網訊息，佛山市衛生健康局高度重視南方醫科大學順德醫院發生的新生兒感染事件，已組織督查和專家組進駐南方醫科大學順德醫院，會同省專家組對事件進行全面調查，監督和指導順德區做好患兒救治和感染防控工作，依法依規進行監督處理。工作進展情況將及時向社會公布。
2019年4月26日，佛山市衛生健康局獨家回應新京報稱，初判這是感染事件，原因待查，有調查結果會及時公布。各級專家已到醫院指導患兒救治和感染防控工作，有一部分新生兒已經出院，“應該說經過我們大家的努力，是在朝好的方向”。
國家衛健委近期召開全國醫療機構感染預防與控制電視電話會議，通報南方醫科大學順德醫院“院感事件”的經過和處置情況。
通報材料顯示，廣東省調查組進入該院後，仍然發現部分喉鏡等急診醫療物品和設施的清潔消毒不規範，配奶過程存在潔污交叉，消毒和感染防護工作不到位等情況。
通報材料還介紹了此次事件的處理結果：廣東省衛生健康委撤銷順德醫院三級甲等醫院資格，收回證書和標識，責令其針對存在的問題限期整改。
