2019年1月23日上午，南充海關揭牌儀式舉行，標誌著成都海關駐南充辦事處正式更名為南充海關。
2006年11月28日，成都海關駐南充辦事處開關，負責川東北地區的各類海關管理工作。十多年來，南充海關大力加強監管，最佳化服務，推進改革，釋放紅利，從進出口轉關到屬地報關，從“全域通”到全國海關通關一體化，從紙質通關到無紙化通關，從加貿手冊監管到保稅倉庫成功運營，海關不斷搭建外貿平台，疏通通關渠道，幫助南充產品不斷走向國際市場，促進南充對外大開放、外貿大發展。
自2018年4月20日起，原南充出入境檢驗檢疫局開始與成都海關駐南充辦事處合併，統一以海關名義對外開展工作。
