南京農業大學自考起步較早，從1957年起就開辦了函授農學本科班和農學專業特別班，1983年經國家教委、農牧漁業部批准，成立了中央農業管理幹部學院南京農業大學分院，後更名為中央農業幹部教育培訓中心南京農業大學分院，1992年成立成人教育學院，2010年3月更名為繼續教育學院。
目前，繼續教育學院和中央農業幹部教育培訓中心南京農業大學分院兩塊牌子，一套班子，合署辦公。下設辦公室、培訓科、教務科、自考招生辦公室四個科級管理機構。專門負責學校學歷繼續教育和非學歷繼續教育(各類培訓)的管理和實施。
學歷繼續教育：成人教育:辦學形式有函授、業餘，辦學層次有高起本、專升本、高起專，本、專科專業共30多個，涉及農、工、理、管理、經濟等門類。現有各類成人學歷教育在讀學生12000餘人，在籍學生數居全國農業院校和江蘇省高等院校前列。學院本著合理布局、優勢互補的原則，在全國建立了一批函授站和教學點，有效地實施了校校、校企、校地聯合辦學，取得了良好的社會效益和經濟效益。自學考試：我校是江蘇省自學考試《農學》、《企業管理》、《農業經濟管理》、《金融》、《國際貿易》、《現代農業管理》六個專業的主考學校，目前還開辦了《日語》、《現代農業管理》兩個“專接本”專業。學院積極參與江蘇省面向農村自學考試實驗區工作，承擔了三大類六個專業方向的主考任務。
