南京市六合區衛生局貫徹執行黨和國家關於衛生工作的方針政策和法律、法規，組織實施國家與地方性的衛生法規、衛生標準和技術規範。
研究提出全區衛生事業發展規劃和社區衛生服務規劃並組織實施。制定並組織實施農村衛生、社區衛生、婦幼衛生髮展規劃和措施。負責全區新型農村合作醫療的綜合管理。承擔全區醫療救護和疾病預防控制工作的管理、協調，協助政府和有關部門對重大突發事件實施緊急處置。研究擬定並組織實施中醫藥事業發展規劃。指導規範衛生行政執法工作，負責對全區傳染病防治、職業病防治監督。負責公共場所和飲用水的衛生監督管理。組織實施醫療技術、醫療質量和采供血機構管理的政策、規範，組織實施醫療機構、從業人員和臨床新技術的許可制度。管理血吸蟲病、地方病、寄生蟲病防治工作。開展愛國衛生運動，指導農村居民改水改廁。
