協餉制度是清王朝軍費收支的重要途徑，也是中央控制地方軍事、經濟、政治的主要手段。晚清時期，它的實行雖步履艱難，但在籌集軍費的過程中，仍發揮重要作用。協餉制度在晚清日漸衰落，在鎮壓太平天國運動的過程中，清朝的財政體制發生了深刻的變化，財政權逐漸下落到地方督撫的手上，地方財政日益發展，導致協餉趨於瓦解，這標誌著高度中央集權的財政體制無可挽回地走向了沒落。
保衛邊疆是建設邊疆的前提，乾隆年間，清朝在新疆常駐的軍隊約4．5萬人。“兵馬未動，糧草先行”，新疆每年的軍政費用需白銀200餘萬兩，而新疆全年貨幣形式的賦稅收入，僅有白銀10餘萬兩。清政府規定，新疆的所有財政收入都留歸新疆各地使用。新疆地方財政的收支差額問題，則通過內地省份的“協餉”解決。新疆遇到大事時，由清朝中央政府撥專款支持，稱為“專餉”。 從1760年開始，清政府每年從內地調撥“協餉”200萬至300萬兩白銀，充作新疆軍政費用。當時，全國有25個省級行政區，除了財政比較緊張的黑龍江、吉林、盛京、烏里雅蘇台（今蒙古國）、廣西、貴州、雲南、西藏、甘肅、青海外，其他的省以及粵海關、閩海關、江漢關、江海關等海關，都要分擔新疆所需的財政支出。
每年春夏間，新疆各地核定本地次年軍政事業所需費用，將開支預算分別上報中央政府的戶部（類似於今天的財政部）和駐在蘭州的陝甘總督衙門（類似今天的蘭州軍區）。戶部審定該預算後，按內地各省區和海關財政收支狀況分攤。各省區和海關接到分攤數額後，按期將銀兩解送陝甘總督衙門，再由新疆派人領取，分存新疆各地銀庫，按月給各地公職人員和駐軍官兵發放。
1760～1911年，清政府撥給新疆的協餉和專餉，總計高達近4億兩白銀。這套制度，類似於今天的財政轉移支付和發達地區對口支援，為新疆發展提供了穩定的經費支持。這些費用，大部分用於駐新疆清軍官兵和辦事人員(包括內地來的滿、蒙、漢族官員和新疆本地的維吾爾等族官員)的工資及日常行政開支，還有一部分用於重大的公共工程，如水利和道路建設等。
