《卓尼藏》,其《甘珠爾》部分由卓尼(今甘肅甘南藏族自治州卓尼縣)土司瑪索公布(dmag-zor-mgon-po,1686—?)施刻,於康熙六十年(1721)開雕,至雍正九年(1731)完成。校閱師和目錄的作者是卓尼傑尊扎巴霞珠(1675—1749)。底本為《里塘藏》,帙數同《里塘藏》。其《丹珠爾》部分開雕於乾隆十七年(1752),完成於乾隆二十五年(1760)。以德格版為底本。其目錄的作者是第二世嘉木樣·季美旺布(1728—1791),寫於乾隆三十八年。此藏經板焚毀於1929年戰亂。其印本在國內和日本、美國尚能見到數部。