整個土司府占地面積1500平方米，有大小房間及展示廳63間。土司府坐北朝南，由四組碉樓組合為封閉式四合院。建築規模龐大，高大雄偉，構造精巧，囊括了嘉絨藏族石碉古建築風格於一體，融世俗與宗教建築理念為一身，獨具魅力的城堡式建築。土司府分東、西、南、北四幢樓，樓層都採用漢式迴廊，迴廊外用漢式花窗與嘉絨式窗花做裝飾。整棟建築為穿斗式結構，未用一釘一鉚，表現出高超的建築藝術。土司府中，嘉絨文化展示區主要集中在一樓及四樓的部分樓房，分為廚房、經幡房、社稷房、銀廳房、釀酒房、衣飾房等12個展廳。二樓主要是紅色文化展示廳，共11個展室。三樓主要展示土司文化。五樓及四樓的部分房間為宗教文化展示廳，主要有文經堂、紅教殿、黃教殿、長壽殿、獅面空行殿、禁食齋、僧人住房等8個展室。卓克基土司府是阿壩州藏羌文化走廊上的經典旅遊景區。
1984年，美國著名作家、《紐約時報》總編輯索爾茲伯里來到馬爾康，盛讚卓克基土司府是“東方建築史上的一顆明珠”。
