早在公元二世紀,托勒密就在他的星表上記載了南門二,還記載了它的黃道坐標。他記載的黃緯是-44° 10′還是 -41° 10′仍有爭議(其J2000紀元的黃緯是-43.5°,由於歲差的影響,這個數值相比托勒密的時期已經有所減少)。在那個時代埃及亞歷山大港還能夠觀測到南門二,但是同樣由於歲差,現代在同樣的地點已經不能做到了。英國探險家羅伯特·休斯(Robert Hues)在其1592年的著作《地球儀》(Tractatus de Globis)中也記載了南門二,並提醒歐洲的天文學家注意。1689年12月,讓·理察(Jean Richaud)在普杜切里(Puducherry)觀測一顆經過的彗星時,發現了南門二A和B的雙星性質。南門二A和B是繼天狼星後被發現的第二個雙星系統。
近現代
南門二A和B較大的自行是由曼努埃爾·約翰·詹森(Manuel John Johnson)在聖赫倫那島觀測時發現的,他把這個發現告訴了好望角皇家天文台的托馬斯·亨德森(Thomas Henderson)。後來,亨德森根據1832年4月至1833年5月間對南門二AB系統的許多精確位置觀測,確定了它們的的視差。然而,他隱瞞了自己的研究結果,因為他覺得這些結果太大,懷疑它不真實。在1839年,弗里德里希·威廉·貝塞爾(Friedrich Wilhelm Bessel)公布了他自己於1838年精確測定的天鵝座61的視差,因而南門二有時被認為是第二顆被測量視差的恆星,因為亨德森的研究一開始並沒有得到充分的認可。到1926年,威廉·史蒂芬·芬森(William Stephen Finsen)計算出了南門二A、B系統軌道元素的近似值,與現代普遍接受的值非常接近。
1915年,Robert T. A. Innes在一次對自行的調查中,通過對比不同時間的閃光照相照片發現了南門二C(即比鄰星)。這些照片顯示比鄰星的大自行和視差在尺寸和方向上都與南門二A、B類似,這表明比鄰星應該也是那個系統的一部分,並且進一步的分析可以發現,比鄰星距離太陽更近。
命名
西方
在西方,南門二的傳統名稱為Rigil Kentaurus,通常縮寫成Rigil Kent,是從阿拉伯文“رجل القنطورس”(Rijl al Kentaurus)演變來的,意為“半人馬的腳”。南門二的另外一個西方傳統名稱是Toliman,這個名稱可能是從希伯來語或阿拉伯文的“الظلمان”(Al-Thalimain,意為鴕鳥)演變來的。南門二有時也被稱為Bungula,這可能是從拉丁文的ungula(意為“蹄”)轉變而來的。
發現南門二C的Robert T. A. Innes提議將其名稱命名為Proxima Centaurus,這是拉丁語中“半人馬座離地球最近的星”的意思。