北京市醫療保障局是按照《北京市機構改革實施方案》，將市人力資源和社會保障局的城鎮職工和城鎮居民基本醫療保險、生育保險、新型農村合作醫療職責，市發展和改革委員會的藥品和醫療服務價格管理職責，市民政局的醫療救助職責等整合，組建北京市醫療保障局，為市政府直屬機構。
北京市醫療保障局（簡稱市醫保局）是市政府直屬機構，為副局級。
成立時間,現任領導,主要職責,內設機構,
成立時間
2018年11月，北京市醫療保障局成立。
現任領導
於魯明，任北京市醫保局局長
於學強，任黨組書記。
主要職責
市醫保局貫徹落實黨中央關於醫療保障工作的方針政策、決策部署和市委有關工作要求，在履行職責過程中堅持和加強黨對醫療保障工作的集中統一領導。主要職責是：
（一）貫徹執行國家有關醫療保險、生育保險、醫療救助等醫療保障制度的法律法規和政策規定，擬訂本市醫療保障制度地方性法規草案、政府規章草案、政策、規劃和標準,並組織實施。
（二）負責本市醫療保障基金支付預算、管理及撥付工作。
（三）擬訂本市醫療保障籌資和待遇政策，完善動態調整機制，統籌城鄉醫療保障待遇標準，建立健全與籌資水平相適應的待遇調整機制。負責制定本市公費醫療政策並組織實施，承擔中央在京機構公費醫療審核報銷工作。負責本市離休幹部醫療費用統籌工作。組織擬訂並實施本市長期護理保險制度改革方案。
（四）組織制定本市藥品、醫用耗材、醫療服務項目、醫療服務設施等醫保目錄和支付標準，建立動態調整機制，承擔本市醫保目錄準入談判、確定等相關工作。
（五）組織制定本市藥品、醫用耗材價格和醫療服務項目、醫療服務設施收費等政策，建立醫保支付醫藥服務價格合理確定和動態調整機制，建立價格信息監測和信息發布制度。
（六）制定本市藥品、醫用耗材招標採購政策並組織實施，組織推進本市藥品、醫用耗材招標採購平台建設。
（七）負責本市定點醫藥機構協定管理，建立健全醫療保障信用評價體系和信息披露制度，監督管理納入醫保範圍的醫療服務行為和醫療費用，依法查處醫療保障領域違法違規行為。
（八）負責本市醫療保障經辦管理、公共服務體系和信息化建設。組織制定和完善本市異地就醫管理、費用結算政策和平台建設。建立健全本市醫療保障關係轉移接續制度。
（九）完成市委、市政府交辦的其他任務。
（十）職能轉變。市醫保局應當完善本市統一的城鄉居民基本醫療保險制度和大病保險制度，建立健全覆蓋全民、城鄉統籌的多層次醫療保障體系，不斷提高醫療保障水平，確保醫保資金合理使用、安全可控，推進醫療、醫保、醫藥“三醫聯動”改革，更好保障人民民眾就醫需求、減輕醫藥費用負擔。
（十一）有關職責分工。
1.與市民政局的有關職責分工。市民政局負責享受醫療救助人員的身份認定工作，市醫保局負責制定醫療救助政策並組織實施。
2.與市人力資源社會保障局的有關職責分工。市人力資源社會保障局統籌全市社會保障卡的發行、運用和管理工作，市醫保局負責制定社會保障卡在醫療保障方面使用管理的標準規範，並會同市人力資源社會保障局做好管理工作。同時，基本醫療保險、生育保險政策的電話諮詢服務，統一納入市人力資源社會保障局諮詢服務平台，市醫保局負責做好相關政策的培訓、民眾意見建議及投訴舉報的辦理工作。兩部門應當建立工作機制，做好信息共享和政策銜接等工作。
3.與市衛生健康委的有關職責分工。市衛生健康委、市醫保局等部門在醫療、醫保、醫藥等方面加強制度、政策銜接，建立溝通協商、信息共享等機制，協同推進改革，提高醫療資源使用效率和醫療保障水平。
內設機構
（一）辦公室。負責機關日常運轉，承擔文電、會務、機要、檔案等工作。承擔信訪、建議議案提案辦理、安全、保密、政務信息公開、網路輿情監測等工作。負責重要文稿的起草工作。負責醫療保障領域政策宣傳和新聞發布工作。負責重要事項的組織與督查督辦。
（二）規劃財務和法規處。組織擬訂本市醫療保障工作規劃。承擔機關和所屬單位財務預決算、機關財務、資產管理、內部審計等工作。負責本市醫療保障管理系統信息化建設，指導相關醫療保障機構信息化建設。承擔醫療保障基金預決算、撥付等工作。負責起草相關地方性法規草案、政府規章草案，承擔機關規範性檔案合法性審核和有關備案工作。承擔行政複議、行政應訴等工作。
（三）待遇保障處。擬訂本市醫療保障相關政策並督促落實。擬訂本市醫療保障籌資和待遇政策，統籌城鄉醫療保障待遇標準、城鄉多層次醫療保障體系建設，建立健全醫療保障關係轉移接續制度。負責擬訂本市長期護理保險制度改革方案並組織實施。
（四）醫藥服務管理處。擬訂本市醫保目錄和支付標準，建立動態調整機制，擬訂本市醫保目錄準入談判規則並組織實施。負責本市定點醫藥機構醫保協定和支付管理、異地就醫管理。組織推進醫保支付方式改革。組織開展藥品、醫用耗材、醫療技術的經濟性評價。負責本市醫療保障公共服務體系建設。
（五）醫藥價格和招標採購處。擬訂本市藥品、醫用耗材價格和醫療服務項目、醫療服務設施收費政策並組織實施，建立醫保支付醫藥服務價格合理確定和動態調整機制，建立價格信息監測和信息發布制度。擬訂本市藥品、醫用耗材招標採購政策，並監督實施。組織推進本市藥品、醫用耗材招標採購平台建設。
（六）基金監管處。擬訂本市醫療保障基金監督管理辦法並組織實施。負責本市建立健全醫療保障信用評價體系和信息披露制度，監督管理納入醫保範圍的醫療服務行為和醫療費用，規範醫保經辦業務，依法查處醫療保障領域違法違規行為。
機關黨委（人事處）。負責機關及所屬單位的黨群、紀檢和黨風廉政建設工作。承擔機關及所屬單位的人事管理、機構編制、教育培訓、隊伍建設等工作。組織開展醫療保障領域社會公眾評價工作。
