北京大學民航臨床醫學院於2007年1月25日簽字暨揭牌。一直承擔著北京大學醫學部臨床醫學專業本科生、研究生的教學和臨床實習工作，其中心血管內科、耳鼻咽喉頭頸外科、婦產科B超、檢驗科、內分泌科是北京大學醫學部碩士研究生培養點，外科、內科是北京市住院醫師規範化培訓基地，透析中心是北京市透析技術培訓基地，婦產科和放射科是朝陽區孕產婦急救網路產科出血定點救治中心，各學科在相應的領域均發揮著重要的作用。
醫院位於北京市朝陽區東部，北臨朝陽路、南鄰京通快速路和捷運八通線，地理位置優越。醫院占地面積5萬平方米，總建築面積16萬平方米，新建航空醫學大樓即將投入使用，開放床位達到1000餘張。目前醫院在職職工1300餘人，設有15個病區、31個臨床醫技科室，在心血管疾病介入治療、血液透析及血液淨化、高危妊娠診治、椎間盤突出治療和關節置換、腹腔鏡微創手術、前列腺疾病的治療等方面具有先進水平。內科設有8個專業：心血管內科、呼吸內科、消化內科、神經內科、腎內科、內分泌科、血液腫瘤科、老年病科；外科7個專業：普外科、肝膽外科、骨科、泌尿外科、神經外科、心胸外科、整形外科；婦產科8個專業：婦科、產科、計畫生育、生殖健康與不孕症、優生學、婦女保健、圍產期保健、更年期保健；兒科9個專業：小兒消化、小兒呼吸、小兒心臟病、小兒腎病、小兒血液病、小兒內分泌、小兒傳染病、小兒遺傳病；眼科、耳鼻咽喉頭頸外科、口腔科、皮膚科、中醫科、感染疾病科、急診科、麻醉科、疼痛科、康復理療科等科室也均設有相應的亞專業；醫技科室8個，包括放射科、核醫學科、檢驗科、藥劑科、物理診斷科、病理科、高低壓氧科等科室。設有1.5T核磁、64排CT、數位化減影血管造影機、SPECT、高低溫高低壓一體氧艙、層流手術室等大型醫療設備設施。多個科研項目獲批民航局級科研課題立項，並獲得首發基金和國家自然科學基金、北京市自然科學基金的資助。醫院為首都文明單位，全國百姓放心示範醫院，中央國家機關平安單位，首都平安示範醫院。
