國家中醫臨床研究基地專項是國家發展中醫藥事業的重大戰略規劃，是迄今為止國家投入最大的中醫專項。2008年12月，經過嚴格初審、複審、終審以及公示，國家發展改革委員會和國家中醫藥管理局共同確定了16家基地建設單位。北京中醫藥大學東直門醫院國家中醫臨床研究基地作為7家局直管直屬醫院之一，不屬於基地單位，但在第一階段也按照基地進行建設，並於2013年12月圓滿完成了第一階段的建設任務，順利通過了評估驗收，2016年12月通過了綜合驗收。
北京中醫藥大學東直門醫院國家中醫臨床研究基地以“打基礎、建機制、謀長遠、見成效”為基本思路，在以病種研究為核心，科研規範和高水平人才培養為兩翼的思想指導下，將中風、阿爾茨海默病、糖尿病腎病、慢性B型肝炎和膿毒血症作為基地主要研究病種，不斷加強中醫臨床科研平台的建設和中醫臨床科研模式的創新實踐，深化重點病種研究，促進成果轉化套用。
北京中醫藥大學東直門醫院國家中醫臨床研究基地建設期內，在重點病種研究方向上總計獲批省部級以上的課題88項，科研經費總額達到1.52億元，榮獲國家科技進步二等獎2項，省部級獎勵10項，申報獲批發明專利15項，培育了教育部“長江學者和創新團隊發展計畫”創新團隊、高等學校學科創新引智計畫（111計畫）、教育部新世紀優秀人才3名。擁有全國名老中醫藥專家傳承工作室導師22名，北京市薪火傳承3+3工程名醫15名。國家藥物臨床試驗機構通過國家食品藥品監督管理總局GCP認定，倫理審查平台通過SIDCER認證及覆核。醫療業務量持續增長，臨床疑難病症診治能力、急危重症救治能力逐年遞增。
北京中醫藥大學東直門醫院國家中醫臨床研究基地“十三五”期間，進一步全面深化重點病種研究，促進重點病種成果轉化套用，持續推進臨床科研信息系統網路建設和研究平台建設，加強臨床科研人員能力建設，探索基地建設常態化管理模式，完善基地運行長效機制，促進基地建設的可持續發展。
