2001年9月，匈牙利空軍劃歸新成立的空軍司令部，並且改組了空軍參謀部。2001年12月，匈牙利簽署了從瑞典接收14架瑞典空軍的JAS-39A/B戰鬥機的契約。2004年年底~2005年6月，瑞典空軍向匈牙利提供12架單座和2架雙座JAS-39A/B飛機，租賃期限為10年。契約價值不足5億美元。
2001年匈牙利解散了3個空軍單位：1個戰術空軍飛行大隊，1個固定防空飛彈團和1個混編運輸機中隊。空軍現在有以下作戰單位：米格-29戰鬥機大隊，1個運輸機團，1個攻擊直升機團，1個防空飛彈旅，1個後勤與指揮控制團。匈牙利的塔薩爾（Taszar）空軍基地自1996年起提供給美國空軍，作為美國空軍的第406遠征空軍基地。
匈牙利2000年有空軍1.15萬人。編成2個戰鬥機聯隊、1個武裝直升機聯隊、1個混合運輸機聯隊、2個防空飛彈團，另外還有一個預備役空軍部隊。2001年匈牙利解散了1個戰鬥機聯隊、1個防空飛彈團和1個混合運輸機聯隊。
武器裝備為：戰鬥機：米格-21型22架(2001年將全部退役)，米格-29型27架(僅12架可用)；運輸機：安-26型9架，Z-43型4架，米-2型運輸直升機16架，米-8型運輸直升機若干架；教練機：L-39型19架，雅克-52型12架；武裝直升機：米-24型24架，米-8/17型38架，米-9型1架，米-17型2架；空空飛彈：AA-2型“環礁”、AA-8型“蚜蟲”、AA-10型“楊樹”和AA-11型“射手”各若干枚；空地飛彈：AT-2型“蠅拍”和AT-6型“螺旋”各若干枚；地空飛彈：SA-4型12部，SA-2/-3/-5型66部，SA-6型20部。
