《動植物育種遺傳數據分析》是2019年09月01日科學出版社出版的圖書，作者是林元震、丁昌俊。
基本介紹
- 書名：動植物育種遺傳數據分析
- 作者：林元震、丁昌俊
- ISBN：9787030620835
- 頁數：314
- 定價：168.00元
- 出版社：科學出版社
- 出版時間：2019年09月01日
- 裝幀：平裝
- 開本：16
內容簡介,圖書目錄,
內容簡介
本書不僅系統介紹了動植物經典數量遺傳數據分析中育種值預測、空間模型、多變數模型和多環境模型及其遺傳參數估算等內容，而且還介紹了基因組選擇及其相關統計方法等方面的最新研究成果，充分反映遺傳評估的新方法、新技術和新成果。全書共12章，第1章介紹ASReml軟體及其用法，第2章概述線性混合模型和REML算法，第3章是方差-協方差結構的總體介紹，第4章和第5章介紹使用家系模型和個體模型預測育種值，第6章介紹多變數模型與遺傳參數估算，第7章介紹空間分析模型以解釋田間試驗的環境異質性，第8章介紹多環境試驗的基因型與環境互作(G×E)以及各種複雜方差-協方差結構的建模，第9章介紹典型標記數據的探索性分析，第10章介紹缺失基因型的填補，第11章涵蓋使用DNA標記預測育種群體中個體間的基因組關係和預測個體基因組育種值的內容，第12章介紹基因組選擇和相關統計方法的最新研究成果。
圖書目錄
第1章 ASReml軟體介紹 1
1.1 摘要 1
1.2 為何選用ASReml？ 1
1.3 ASReml分析流程 2
1.4 ConTEXT編輯器的設定 2
1.5 ASReml入門 4
1.6 運行ASReml程式 15
1.7 ASReml輸出檔案 16
1.8 制表 23
1.9 預測 24
1.10 單一程式多個模型 25
1.11 方差分量的線性組合 31
第2章 線性混合模型概述 34
2.1 摘要 34
2.2 混合模型與傳統方差分析的比較 34
2.3 不平衡數據 45
2.4 混合模型概述 49
2.5 多個固定效應的模型可估性 57
2.6 估計的標準誤差和準確性 59
2.7 REML法簡介 60
第3章 ASReml方差建模 62
3.1 摘要 62
3.2 方差模型規則 62
3.3 初始值 75
第4章 育種值 79
4.1 摘要 79
4.2 家系選擇 79
4.3 理論方差分量和相似性 80
4.4 GCA(家系)模型 84
4.5 使用GCA模型分析半同胞子代數據 85
4.6 個體(動物)模型 92
4.7 在模型中考慮遺傳組效應 102
4.8 自交對方差分量的影響 106
第5章 遺傳值 108
5.1 摘要 108
5.2 特殊配合力和遺傳值 108
5.3 雙列雜交設計 109
5.4 因子交配設計 121
5.5 無性系子代測定的數據分析 123
第6章 多變數模型 128
6.1 摘要 128
6.2 簡介 128
6.3 基礎理論 129
6.4 玉米RIL多變數模型 132
6.5 個體模型的多變數分析 150
第7章 空間分析 157
7.1 摘要 157
7.2 基礎理論 157
7.3 空間效應建模 157
7.4 田間試驗的空間分析示例 162
7.5 空間模型的遺傳力 170
第8章 多環境試驗分析 175
8.1 摘要 175
8.2 簡介 175
8.3 統計模型 177
8.4 松樹混合授粉MET數據分析示例 183
8.5 FA模型的遺傳預測 197
8.6 FA模型的遺傳力和可靠性的估算 201
第9章 標記數據的探索性分析 210
9.1 摘要 210
9.2 標記數據和一些概念 210
9.3 處理標記數據的軟體和工具 216
9.4 數據匯總和可視化 225
第10章 缺失基因型的填補 229
10.1 摘要 229
10.2 簡介 229
10.3 填補的理念 230
10.4 免譜系的填補 232
10.5 利用高密度基因分型的參考模板對低密度基因分型的個體進行填補 233
10.6 無參考模板的填補 239
10.7 用Synbreed包進行填補 241
第11章 基因組關係與GBLUP 243
11.1 摘要 243
11.2 現實基因組關係 243
11.3 基因組BLUP 254
11.4 交叉驗證 265
11.5 混合遺傳關係 277
第12章 基因組選擇 282
12.1 摘要 282
12.2 基因組預測的回歸模型 282
12.3 BGLR包的貝葉斯回歸實例 288
參考文獻 306
1.1 摘要 1
1.2 為何選用ASReml？ 1
1.3 ASReml分析流程 2
1.4 ConTEXT編輯器的設定 2
1.5 ASReml入門 4
1.6 運行ASReml程式 15
1.7 ASReml輸出檔案 16
1.8 制表 23
1.9 預測 24
1.10 單一程式多個模型 25
1.11 方差分量的線性組合 31
第2章 線性混合模型概述 34
2.1 摘要 34
2.2 混合模型與傳統方差分析的比較 34
2.3 不平衡數據 45
2.4 混合模型概述 49
2.5 多個固定效應的模型可估性 57
2.6 估計的標準誤差和準確性 59
2.7 REML法簡介 60
第3章 ASReml方差建模 62
3.1 摘要 62
3.2 方差模型規則 62
3.3 初始值 75
第4章 育種值 79
4.1 摘要 79
4.2 家系選擇 79
4.3 理論方差分量和相似性 80
4.4 GCA(家系)模型 84
4.5 使用GCA模型分析半同胞子代數據 85
4.6 個體(動物)模型 92
4.7 在模型中考慮遺傳組效應 102
4.8 自交對方差分量的影響 106
第5章 遺傳值 108
5.1 摘要 108
5.2 特殊配合力和遺傳值 108
5.3 雙列雜交設計 109
5.4 因子交配設計 121
5.5 無性系子代測定的數據分析 123
第6章 多變數模型 128
6.1 摘要 128
6.2 簡介 128
6.3 基礎理論 129
6.4 玉米RIL多變數模型 132
6.5 個體模型的多變數分析 150
第7章 空間分析 157
7.1 摘要 157
7.2 基礎理論 157
7.3 空間效應建模 157
7.4 田間試驗的空間分析示例 162
7.5 空間模型的遺傳力 170
第8章 多環境試驗分析 175
8.1 摘要 175
8.2 簡介 175
8.3 統計模型 177
8.4 松樹混合授粉MET數據分析示例 183
8.5 FA模型的遺傳預測 197
8.6 FA模型的遺傳力和可靠性的估算 201
第9章 標記數據的探索性分析 210
9.1 摘要 210
9.2 標記數據和一些概念 210
9.3 處理標記數據的軟體和工具 216
9.4 數據匯總和可視化 225
第10章 缺失基因型的填補 229
10.1 摘要 229
10.2 簡介 229
10.3 填補的理念 230
10.4 免譜系的填補 232
10.5 利用高密度基因分型的參考模板對低密度基因分型的個體進行填補 233
10.6 無參考模板的填補 239
10.7 用Synbreed包進行填補 241
第11章 基因組關係與GBLUP 243
11.1 摘要 243
11.2 現實基因組關係 243
11.3 基因組BLUP 254
11.4 交叉驗證 265
11.5 混合遺傳關係 277
第12章 基因組選擇 282
12.1 摘要 282
12.2 基因組預測的回歸模型 282
12.3 BGLR包的貝葉斯回歸實例 288
參考文獻 306
