《動態性狀遺傳結構的最佳化解析策略》是依託上海交通大學，由楊潤清擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：動態性狀遺傳結構的最佳化解析策略
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人：楊潤清
- 依託單位：上海交通大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
將Legendre 多項式分別鑲嵌在Cockerham's 二對等位基因正交遺傳模型的每個遺傳效應項，來反映單個QTL加性、顯性和兩個QTL間互作（上位）效應隨時間或其它定量因素的變化規律，並考慮個體表型值中剩餘遺傳效應和永久環境效應與時間或其它定量因素的相關，建立用來解析動態性狀遺傳結構的多個互作QTL隨機回歸模型。採用貝葉斯模型選擇方法，推證適合F2資源群體的未知參數和相應二岐變數的邊際後驗分布，總結各參數的貝葉斯抽樣步驟和過程。通過計算機模擬實驗，分析群體大小、測定日頻率、標記密度、QTL遺傳貢獻率和連鎖程度等因素對動態性狀多個帶有上位效應QTL的檢測效率的影響；探索動態性狀遺傳構架解析的最佳化方法。通過計算機模擬試驗和藉助兩個實際資源群體資料，比較新分析方法與常規模型在檢測和計算效率上的差異，驗證新方法的有效性和適應性。明晰控制動態性狀QTL間的相互關係有助於揭示動態性狀的遺傳規律。
結題摘要
檢測互作數量性狀基因位點是目前統計基因組研究的熱點問題。在Cockerham遺傳模型基礎上，用Legendre多項式分擬合QTL的主效應和互作效應以及個體的剩餘遺傳效應和永久環境效應隨著時間或數量因素的變化。本項目成功將貝葉斯模型選擇方法由普通數量性狀推廣到動態數量性狀。通過選擇適宜的自回歸係數的先驗分布，提出了動態數量性狀的貝葉斯功能定位方法，從而將功能定位由逐個分析單個QTL推廣至同時分析多個QTL。系統研究了基因組印記效應和類型的貝葉斯統計推斷方法，並將基因組印記研究由普通數量性狀推廣到動態數量性狀。本項目的研究內容之外，在生存分析理論框架下，我們還探索了與時間相關的生存性狀基因定位過程中模型選擇和最佳化問題。項目完成過程中，共發表SCI論文11篇，累計影響因子約40。
