副本交換

介紹

副本交換分子動力學模擬(REMD)

副本交換分子動力學模擬(REMD) 在REMD 中，一系列非相互作用的副本系統被重新構建，覆蓋了從低溫到高溫很寬的溫度範圍。對每一個副本分別進行獨立的分子動力學模擬。根據Metropolis 標準，在溫度上相鄰的每個副本的構型可以進行交換。因此，REMD 模擬可以使低溫構型空間逃離局部勢能最低點，與傳統的動力學相比，REMD 模擬可以在更大的構型空間上取樣。但是這個方法的缺點是計算量非常大，副本數目與成正比，N 是系統的自由度。