分部質譜是用電場和磁場將運動的離子(帶電荷的原子、分子或分子碎片)按它們的質荷比分離後進行檢測的方法。1898年W.維恩用電場和磁場使正離子束髮生偏轉時發現,電荷相同時,質量小的離子偏轉得多,質量大的離子偏轉得少。分部質譜用於測定有機化合物的結構,開拓了有機質譜的新領域。
待測化合物分子吸收能量(在離子源的電離室中)後產生電離,生成分子離子,分子離子由於具有較高的能量,會進一步按化合物自身特有的碎裂規律分裂,生成一系列確定組成的碎片離子,將所有不同質量的離子和各離子的多少按質荷比記錄下來,就得到一張質譜圖。由於在相同實驗條件下每種化合物都有其確定的質譜圖,因此將所得譜圖與已知譜圖對照,就可確定待測化合物。