本中心是在“石河子大學綠洲社會經濟與屯墾研究中心”基礎上成立的兵團人文社會科學重點研究基地。中心採取兵團教育局與石河子大學共建，以石河子大學為主的方式，是一個獨立的非法人的實體性研究機構，中心設定獨立，與學院（系）平行，採用“以問題為導向，以項目為載體，以項目管理為途徑，以學術研究為平台”的管理模式。
中心基本宗旨：立足區域，面向全國，協同各方資源及力量，搭建科研創新共享平台，為新疆及兵團乃至國家政府部門提供決策諮詢和理論支撐。
中心實行理事會制度，指導單位為兵團教育局，理事長單位為石河子大學，石河子大學黨委書記何慧星擔任中心理事長，理事單位包括：北京大學、對外經濟貿易大學、中國社會科學院新疆發展研究中心、新疆社會科學院、塔里木大學、兵團黨委宣傳部、兵團黨委政策研究室、兵團發展改革委員會、兵團黨史研究室（兵團志辦公室）、新疆兵團黨委黨校（行政學院）、兵團第八師、新疆天業（集團）有限公司、新疆兵團軍墾博物館、霍爾果斯經濟技術開發區管委會、三五九旅屯墾紀念館。
中心設有學術委員會，是本中心最高學術決策機構，負責學術研究指導、監督、確定本中心的科研發展方向和審定重大科研項目的立項等事宜。中國社會科學院新疆發展研究中心研究員厲聲擔任學術委員會主任，學術委員會副主任為北京大學歷史系教授榮新江、石河子大學教授李萬明（常務）。
中心實行主任負責制，由石河子大學副校長夏文斌教授擔任中心主任，副主任為塔里木大學西域文化研究院院長廖肇羽、石河子大學政法學院副院長萬朝林（常務）。中心下設辦公室及四個部門：理論研究部、實踐調研部、決策內參部、文獻信息部。
中心主要從事屯墾戍邊歷史文化、邊疆治理與安全、新疆兵團區域發展等領域研究，三個研究方向共有專兼職研究人員69名，本中心的研究成果將為新疆生產建設兵團提供理論支撐和決策支持。
中心未來展望：通過不斷整合相關的國內外高水平學術研究信息，建成“特色鮮明、西部一流、國際知名”的人文社科專業資料庫和專業研究基地，成為兵團領導決策的智庫，兵團屯墾戍邊研究的高地，匯聚、整合、培養人才的平台，學術交流和資料信息中心，深化科研體制改革的示範地。
