表達一個DNA分子上的基因標記的細胞經常也表達另一個DNA分子攜帶的基因標記,這種物理上不相連的基因被整合到同一整合序列並在同一轉染細胞內表達的現象叫做共轉染效應。常規轉染技術可分為兩大類,一類是瞬時轉染,一類是穩定轉染(永久轉染)。前者外源DNA/RNA不整合到宿主染色體中,因此一個宿主細胞中可存在多個拷貝數,產生高水平的表達,但通常只持續幾天,多用於啟動子和其它調控元件的分析。
一般來說,超螺旋質粒DNA轉染效率較高,在轉染後24-72小時內(依賴於各種不同的構建)分析結果,常常用到一些報告系統如螢光蛋白,β半乳糖苷酶等來幫助檢測。後者也稱穩定轉染,外源DNA既可以整合到宿主染色體中,也可能作為一種游離體(episome)存在。儘管線性DNA比超螺旋DNA轉入量低但整合率高。