內在神經由兩種神經叢組成，包括黏膜下神經叢和肌間神經叢。內在神經中含有大量神經元(神經元數目約l0個，幾乎相當於脊髓內神經元的總數)；內在神經末梢釋放的遞質除乙醯膽鹼和去甲腎上腺素外，幾乎含有所有中樞神經系統中的遞質如5-羥色胺、γ-氨基丁酸和各種肽類物質；內在神經不僅有運動功能，也有感覺功能；在正常情況下，胃腸內在神經的活動受外來自主神經(交感和副交感神經)及大腦皮層的調節和控制。
