丁質酶的抗真菌作用，這類幾丁質酶可以對抗侵入植物體的真菌病原體。微生物幾丁質酶主要是由鏈黴菌屬、桿菌和大多數真菌產生的。細菌分泌幾丁質酶主要用於真菌細胞壁的降解和重組，但在大多數產幾丁質酶的真菌中，此酶主要用於真菌細胞壁的成型過程。
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