克隆選擇假想是認為動物體記憶體在著許多免疫活性細胞克隆,不同克隆的細胞具有不同的表面受體,能與相對應的抗原決定簇發生互補結合。一旦某種抗原進入體內與相應克隆的受體發生結合後便選擇性地激活了這一克隆,使它擴增並產生大量抗體(即免疫球蛋白),抗體分子的特異性與被選擇的細胞的表面受體相同。
關於抗原和抗體的關係一直存在兩類不同的觀點。指令學說認為一種抗原進入體內後作為模板誘導球蛋白分子形成互補構型而成為某一種抗體;選擇學說則強調抗原只是刺激事先已經形成的某些結構,使之產生與此結構相同的抗體。德國醫學家和細菌學家P.埃爾利希於1900年提出的側鏈理論便屬於一種選擇學說。他認為動物體本來就能產生各種抗體,進入體內的某一種抗原只是選擇性地促使相應抗體大量地產生。