(1419—1486)後藏江孜“乃寧”人，幼年在納塘寺剃度出家，聞修各種教法。後隨傑·根頓珠巴修習了《釋量論》。此後遊歷前藏，在哲蚌寺根配林聽濟尊·喜饒森格講授《秘密根本七法》和堪欽白洛等人講法。在顯、密兩宗方面，均有了很深的造詣，最後人下密院修行密宗。明天順八年(1464年)，下密院堪布先後圓寂，眾扎巴一致推舉貢噶頓珠任洛本(即堪布)，但翁則頓月等人則推選扎西堅贊為洛本，因此發生矛盾。傑·貢噶頓珠遂於是年帶領六弟子及“雲臂佛像”、人頭骨，密守經典、法器等來到衛堆窮普爾色哇隆山洞內開始研習密宗。次年搬到強巴林寺修行，起初僅有師徒6人，以後發展到32人，神像增加到32尊。他在傳授密宗的同時，撰寫了磋宗喀巴大師傳》和《濟尊·喜饒僧格大師傳9，並規定每年召集一次僧眾法會。明成化年間創建上密院。成化二十一年(1485年)，拉薩吉曲河洪水泛濫，危及人民的生命財產，無法治理。當時的溫薩·達隆巴迎請貢噶頓珠來吉曲河邊進行祈禱活動。第二天正遇洪水下降，免除了一場大災難。達隆巴為獎其治水有功，為他頒發了封文執照，將小昭寺封賜給上密院，以作僧眾聚會之地。清康熙五十年(1711年)，此時蒙古和碩特部拉藏汗統治西藏，視上密院為宗喀巴黃教密宗的正宗寺院，在達隆巴封文的基礎上又頒發了將小昭寺和釋迦牟尼像及其所屬經堂、喇章等永遠歸屬上密院的封文執照。1486年2月6日，貢噶頓珠圓寂於衛堆強巴林寺，留心、舌、頭蓋骨，其餘火焚。並將心、舌裝入新造一肘長的金制“集密佛像”內，安放於小昭寺內；頭蓋骨安放在止貢地方的拉孜袞薩寺內以作供養。之後，因貢噶頓珠為上密院第一任堪布，他圓寂後，上密院曾於公元1486年和1487年兩年終止修行密宗。
